Bazı meyve türlerinde DNA izolasyon yöntemlerinin etkinliğinin karşılaştırılması

Abstract

Moleküler biyoloji çalışmaları üzerinde çalışılan bitkilerden yüksek kalitede DNA izolasyonu gerektirmektedir. Bu nedenle, çalışmalarda kullanılacak bitkilerden kısa sürede ve saf olarak yüksek konsantrasyonda DNA izolasyonu son derece önemlidir. Bu çalışmada fındık, avokado, trabzon hurması, mandarin ve portakal türlerinden, MiniPrep DNA izolasyon yöntemi ve bu yöntemin modifiye edilmiş versiyonları kullanılarak DNA elde edilmiştir. Test edilen yöntemlerde ekstraksiyon tampon çözeltileri içinde 1) yalnızca CTAB, 2) CTAB ve PVP beraber (CTAB+PVP), 3) CTAB ve SDS (CTAB+SDS) beraber ve 4) yalnızca SDS olacak şekilde hazırlanmıştır. Bu izolasyon yöntemleri sonrasında elde edilen DNA’ların konsantrasyon ve kaliteleri karşılaştırılmıştır. Genel olarak tüm yöntemlerden yüksek konsantrasyonda DNA elde edilirken, hem bitki türleri hem de yöntemler istatistiksel olarak önemli bulunmuştur. En yüksek DNA konsantrasyonları fındık ve portakal türlerinde elde edilirken CTAB+SDS yöntemi ile elde edilen DNA konsantrasyonları öteki yöntemlerden daha düşük olarak saptanmıştır.

Virtually all molecular biology studied requires high quality DNA isolated from plants of interest. Therefore, it is important to isolate pure and high quality DNA in a short time. In this study, DNA sampled from hazelnut, avocado, persimmon, mandarin and orange were isolated using MiniPrep DNA isolation methods and its modified versions. These treatments were prepared adding 1) CTAB, 2) CTAB and PVP (CTAB+PVP), 3) CTAB and SDS (CTAB+SDS) 4) SDS to extraction buffer. The DNA samples isolated using these methods were compared for their concentrations and purity. In general, all method yielded high DNA concentrations; the differences among the fruit species and the isolation methods were found to be statistically significant. The highest DNA concentrations were recovered from hazelnut and orange while CTAB+SDS yielded significantly lower DNA concentration when compared to the other methods.