Hatay ilinde domates bitkilerinden elde edilen Pyrenochaeta lycopersici izolatlarının virülens düzeyleri ve moleküler tiplerinin belirlenmesi

Abstract

Steril fungus olarak da bilinen Pyrenochaeta lycopersici, domates yetiştiriciliği yapılan ılıman iklim kuşağındaki pek çok alanda, %40-70 arası ürün kaybına sebep olan önemli bir patojen fungustur. P. lycopersici tarafından oluşturulan domates mantarımsı kök hastalığının etkin kimyasal mücadelesi bulunmamaktadır. Bu çalışmada, Hatay ilinde domates yetiştiriciliği yapılan alanlardan elde edilen P. lycopersici izolatlarının virülens düzeyleri ve moleküler tipleri araştırılmıştır. 2015 yılında Hatay iline bağlı domates yetiştirilen alanlarda survey çalışmaları gerçekleştirilmiş ve bu esnada solgunluk, sararma ve kök çürüklüğü görülen bitkilerden örnekler alınmıştır. Yarı seçici besi ortamında yapılan izolasyonlarda 17 P. lycopersici izolatı elde edilmiş ve teşhisleri ITS1/4 sekansı ile moleküler olarak doğrulanmıştır. Plyc1 ve Plyc2 spesifik primerleri ile yapılan PCR işlemi sonrasında izolatların 3’ünün moleküler Tip1 ve 14’ünün ise Tip2 olduğu tespit edilmiştir. Domates fideleri ile kültür filtrat yöntemi kullanılarak patojenisite testi gerçekleştirilmiştir. Oluşan hastalık simptomları 0-4 skalası kullanılarak değerlendirilmiş ve skala değerleri McKinney formülü kullanılarak McKinney indeksi değerlerine dönüştürülmüştür. Patojenisite testi sonucunda hastalık şiddeti izolatlar arasında farklılık göstermiştir (65-95). Moleküler tip ile izolatların virülenslikleri arasında herhangi bir ilişki bulunmadığı ancak izolatların elde edildikleri lokasyon ile virülenslikleri arasında hafif bir ilişkinin bulunduğu tespit edilmiştir.

Pyrenochaeta lycopersici is one of the most important fungal plant pathogen, which is known as sterile gray fungus on tomato and causes severe yield loss up to 40-70% in most of the temperate tomato growing areas. There is no effective chemical control methods of corky root of tomato caused by P. lycopersici. In this study, we examined variability of virulence and molecular types in P. lycopersici isolates from tomato in Hatay province of Turkey. In 2015, surveys were carried out in tomato growing areas of Hatay province of Turkey and infected plant samples showing wilting, yellowing and root rot symptoms were collected. After isolations on semi selective medium, a total of 17 Pyrenochaeta lycopersici isolates were collected and verified by ITS1/4 sequence. PCR process with Plyc1 and Plyc2 specific primers showed that 3 isolates were molecular Type1 and 14 isolates were Type2. To assess of virulence level of Pyrenochaeta lycopersici, a pathogenicity test was conducted with tomato seedlings by culture filtrate method. Disease symptoms were measured with a scale of 0-4 and the index were transformed to McKinney index. According to McKinney index, disease severity varied among isolates (65 to 95). There was no relationship between molecular types and virulence level but we detected slight relationship between location and virulence in this study.