Yazar "Barutçu, Eminur" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 1 / 1
  • Küçük Resim
    Öğe
    İncir mozaik hastalığı etmenlerinin tanılanması ve genomik karakterizasyonu
    (Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi, 2011) Barutçu, Eminur; Çağlayan, Kadriye
    araştırılması, etmenlerinin tanı ve karakterizasyonu, hastalık etmeninin taşıma denemeleri ve konukçu dizilerinin belirlenmesi ile tüm genomu tanımlanmış olan Fig mosaic virus' un genetik çeşitliliğinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Arazi koşullarında gözlemler alındıktan sonra tanı ve karakterizasyon amaçlı elektron mikroskobisi ve moleküler teknikler kullanılmıştır. Elektron mikroskobunda, örneklerin çoğunda çift membranlı yapılar tespit edilmiştir. Yapılan RT-PCR analizleri sonucunda testlenen 101 incir örneğinin 94' ü FBV-1; 78' i FMV; 1' i FLMaV-1; 14' ü FLV-1; 2' si FMMaV ve 5' i AFCV-1 ile enfekteli bulunmuştur. FLMaV-2, AFCV-2, SCFaV, CMoMV ve CRLaRNA ile enfekteli örnek tespit edilmemiştir. Nükleotid dizi analizi sonucu elde edilen verilerin BLAST analizleri sonuçlarına göre; FLMaV1, FMV, FLV-1 ve FMMaV izolatları ile örneklerimiz yüksek oranda benzerlik göstermektedir. FBV-1, AFCV-1' in gen bankasında kayıt bilgileri bulunmadığından eşleşme yapılamamıştır. Şiddetli simptom gösterip, tanımlanmış virüslere karşı pozitif sonuç vermeyen örnekler genomik dizilemeye alınmıştır. Genomik dizileme için dsRNA izolasyonları, cDNA sentezlemesi, DOP-PCR, klonlama ve DNA dizileme yapılmıştır. dsRNA analizlerinde değişik seviyelerde çeşitli bantlar elde edilmiş ve bu bantların değişik virüs grupları ya da parçalı genoma sahip virüse ait olabileceği varsayılarak klonlama çalışmaları planlanmıştır. Genomik dizileme analizleri sonucunda elde edilen diziler BLASTn ve BLASTx analizleri ile değerlendirilmiştir. Analizler sonucunda kısmi FMV ve FLMaV2 dizileri elde edilmiştir. FMV probları kullanılarak yapılan Northern hibridizasyon, sonuçları ile FMV varlığı doğrulanmıştır.Hastalıktan sorumlu olası etmenlerin deneysel taşıma denemelerinde enfekteli incir ağaçlarından toplanan Aceria ficus Cotte, sağlıklı indikatör bitkilere aktarılmıştır. Taşıma denemeleri sonunda, incir fidelerinde değişik simptomlar belirmiş ve ilk kez bu çalışma ile FMV' nin aktarımında eriyofidlerin önemli bir rolü olduğu kanıtlanmıştır. Konukçu dizilerinin tespit edilmesi amacı ile yapılan taşıma denemeleri sonucunda, incir fideleri dışında Cezayir menekşesi bitkisinin de mozaik simptomları gösterdiği tespit edilmiştir. İnokule edilen bitkilerin elektron mikroskobisi sonucunda, çift membranlı yapılar dışında Closteroviridae benzeri partiküller gözlenmiştir. Yapılan RT-PCR çalışmaları sonucunda, inokule edilen incir ve Cezayir menekşesi bitkilerinin FMV ve FBV-1 ile enfekteli olduğu tespit edilmiştir. Eriyofid bünyesindeki virüsün tespiti amacı ile yapılan RT-PCR çalışmalarında FMV tespit edilmiştir.FMV' nin genetik çeşitliliğinin tespiti için nükleoprotein ve glikoprotein bölgelerine spesifik primerler kullanılarak RT-PCR yapılmış, PCR ürünleri klonlanmış ve dizilenmiştir. Filogenetik analizler sonucunda glikoprotein bölgesinin nükleoprotein bölgesine göre daha değişken olduğu tespit edilmiştir.