Yazar "Kerman, Enes" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 2 / 2
  • [ N/A ]
    Öğe
    Comparative Evaluation of RNAlater Solution and Snap Frozen Methods for Gene Expression Studies in Different Tissues
    (Sciendo, 2020) Ozkan, Huseyin; Kerman, Enes
    Introduction: Freezing of tissues with liquid nitrogen is the most common method in studies performed at the RNA level. However, the use of RNA stabilization solutions has become a popular alternative method. The aim of this study is to investigate the effectiveness of RNAlater on RNA stabilization in different tissues. Material and Methods: In this study, RNA were isolated from the lung, heart, liver and skeletal muscle tissues of rats that were frozen with liquid nitrogen (snap frozen, SF group) or stored in RNAlater solution (RL group), and the changes in concentration, purity, reference genes expression, and fold-change levels between groups were analyzed. Results: In the RL group, the concentration of RNA isolated from the liver tissues was higher (P<0.05), whereas the A260/280 ratio was lower in the heart and liver tissues (P<0.05). PPIA and SRP72 genes were found to have lower Cl values in the heart tissues ofrats in the RL group (P<0.05 and P<0.001, respectively) than the SF group. Expression levels of PPIA, ACTB, and SRP72 genes across the tissues were found to be different between the groups (P<0. 05). The gene expression level examined in terms of fold-change was significantly different in the RL group (upregulated up to 4 folds and downregulated about 0.5 fold) (P< 0.05). Conclusions: The results showed that RNAlater can maintain the RNA integrity and can also change the results of gene expression because it does not inhibit biological activity. The snap freezing method is more reliable because gene expression is more stable in tissues frozen with liquid nitrogen.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Ratlarda postmortem mRNA degradasyon düzeylerinin araştırılması ve postmortem interval tayinindeki yeri
    (Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi, 2019) Kerman, Enes; Çeli̇kel, Adnan
    Amaç: Ölümden sonra geçen sürenin tahmini tüm olgularda önemlidir. Çeşitli yöntemlerin kullanıldığı postmortem interval tayini (PMI) tahmininde gelişen teknolojiyle birlikte moleküler yaklaşımlar öne çıkmaktadır. Bu çalışmada ölümden sonra 48. saate kadar RNA kalitesinde meydana gelen değişim ile PMI arasındaki ilişkinin araştırılması amaçlanmıştır. Yöntem: Wistar albino ratlarda ölümden sonra farklı sürelerde +4 °C'de bekletilen kalp ve iskelet kası dokularından RNA izolasyonu yapılmıştır. Elektroforetik olarak rRNA bant bütünlükleri değerlendirilmiş ve ACTB, PPIA, GAPDH, SRP-72 ve EMC-7 referans genlerinin mRNA ekspresyon seviyeleri RT-qPCR'da incelenmiştir. Bulgular: Total RNA, 28S ve 18S rRNA subunitlerinin 12., 24. ve 48. saat örneklerinde yıkımlanmaya başladığı görülmüştür. Kalp kasında mRNA yıkımlanmasına bağlı; 24. saatteki PPIA geni threshold cycle (Ct) değerleri ile 0., 6., ve 12. saatlerdeki değerler arasında anlamlı istatistiksel fark bulunmuştur (P<0,01). 24. saatteki ACTB geni Ct değerleri ile 0., 6., 12. ve 48. saatler arasındaki fark anlamlı bulunmuştur (P<0,001). GAPDH Ct değerleri; 0. saat ile 24. saat arasındaki farkın yanı sıra 6. saat ile 12., 24., ve 48. saatler arasındaki farkın anlamlı olduğu görülmüştür (P<0,001). SRP-72 Ct değerleri, 6. saat ile 24. ve 48. saatlerde elde edilen değerler arasındaki fark anlamlı bulunmuştur (P<0,05). EMC-7 gen ekspresyon seviyeleri bakımından saatler arasında anlamlı bir farklılık tespit edilememiştir. İskelet kasında ise mRNA yıkımlanmasına bağlı; PPIA, ACTB, GAPDH ve SRP-72 gen ekspresyonu seviyeleri incelendiğinde, saatler arasında anlamlı bir farklılık tespit edilememiştir. Sonuçlar: Yaş ve cinsiyet gibi birçok faktörün PMI tahmininde kullanılan yöntemlerin parametrelerini etkileyebileceği göz önünde bulundurulduğunda, bunlara ek olarak moleküler yöntemlerin kullanılmasıyla, PMI tahmini güvenilirliğini arttırmanın mümkün olabileceği anlaşılmıştır.