Yazar "Kocabağ, Hami̇de Deni̇z" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 1 / 1
  • Küçük Resim
    Öğe
    Yeni viral etmenlerin narlarda [Punica granatum L.] yüksek kapasiteli dizileme ile saptanması, biyolojik ve epidemiyolojik özelliklerinin araştırılması, organik nar bahçelerinde taranması
    (Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi, 2022) Kocabağ, Hami̇de Deni̇z; Çağlayan, Kadri̇ye
    Kültür tarihi oldukça eskilere dayanan, dünyada ve ülkemizde önemi gittikçe artan nar ağaçlarını etkileyen virüs ve virüs benzeri hastalıklar hakkında son yıllara kadar sınırlı sayıda araştırma yapılmıştır. Ülkemizde yapılan bir çalışmada narların grapevine leafroll virüs-1 (GLRaV-1)'in doğal konukçusu olabileceğinin tespit edilmesi ve nar plantasyonlarında yoğun virüs benzeri simptomların gözlenmesi bu çalışmanın kurgulanmasında önemli rol oynamıştır. Çalışma kapsamında Adana, Antalya, Aydın, Hatay, Kilis, Kocaeli, Mersin, Osmaniye ve Şanlıurfa illerinden klorotik ve mozaik lekeler, damar bantlaşması ile meşe yaprağı simptomu gözlenen 200 nar örneği ile simptomsuz 87 örnek GLRaV-1'e karşı RT-PCR analizleriyle testlenmiştir. Ayrıca, GLRaV-1 negatif bulunan fakat yoğun simptomlu 2 nar örneği seçilerek olası yeni virüslere karşı Yüksek Kapasiteli Dizileme (YKD) analizleri ile araştırılmıştır. Toplam 287 örneğin GLRaV-1'in 3 farklı gen bölgesini (p24, CP ve CPd2) hedef alan primerler kullanılarak yapılan RT-PCR analizleri sonucunda GLRaV-1'in en az bir gen bölgesi için pozitif bulunan örneklerin oranı %22,99 olarak tespit edilmiştir. Yoğun simptom gözlendiği halde GLRaV-1 açısından negatif bulunan Hatay ilindeki 2 Hicaz çeşidi nar örneğinde YKD analizleri yapılmıştır. Analizler sonucu elde edilen viral genomun, son yıllarda çarkıfelek (Passiflora edulis) bitkisinde saptanan ve Potyviridae familyasının yeni bir üyesi olarak Roymovirus cinsine dahil edilen "passiflora edulis symptomless virus (PeSV)" olduğu belirlenmiş olup bu virüs narlarda ilk kez tespit edilmiştir. PeSV saptanan nar örnekleri elektron mikroskopta incelenmiş ve Potyviridae üyeleri ile uyumlu 760-780 nm uzunluğundaki esnek filamentli viral partiküllerin gözlenmesiyle virüsün narlardaki varlığı doğrulanmıştır. PeSV için tanı primeri olarak tasarlanan PeSV/NIa-Pro genine spesifik 6564F/7030R primeri ve PeSV-CP gen bölgesine spesifik 8985F/9753R primer çiftleri kullanılarak 287 nar örneği testlenmiş ve her iki primerden en az biriyle 214 örnek pozitif bulunmuştur (%67,59). PeSV pozitif bulunan örneklerin sekans sonuçları İsrail'den bildirilen PeSV çarkıfelek izolatı ile %86-94 oranında benzerlik göstermiştir Narlarda YKD analizi ile tespit edilen PeSV'nin biyolojik özelliklerinin belirlenmesi amacıyla doğadaki olası vektörleri, otsu ve odunsu konukçulara taşınabilme özellikleri araştırılmıştır. PeSV, denemede kullanılan hiçbir otsu indikatör bitkiye mekanik inokulasyon yöntemiyle taşınamamıştır. PeSV ile enfekteli narlardan sağlıklı narlara göz aşısı yoluyla taşınma etkinliğinin saptanmasına yönelik yürütülen çalışmalarda ise iki yıl boyunca yapılan gözlemlerde herhangi bir taşınma olmamıştır. PeSV ile enfekteli nar ağaçlarından toplanarak Aphis punicae Passerini olarak teşhis edilen 565 yaprak biti RT-PCR ile testlenmiş ve PeSV-CP primeri ile 2, PeSV/NIa-Pro primeri ile 5 yaprak biti pozitif bulunmuştur. Yapılan bu çalışmada yaprak bitinin bünyesinde PeSV tespit edilmesine karşın otsu konukçulara taşınamamıştır. PeSV'nin gerek mekanik, gerek enfekteli aşı gözü kullanımı gerekse olası vektör yaprak bitleri yoluyla otsu bitkilere ve sağlıklı nar bitkilerine etkin bir taşınmanın olmaması nedeniyle virüsün nar plantasyonlarında yaygın bulunmasının ana nedeninin enfekteli bitkilerden alınan çelikler yoluyla olabileceği sonucuna varılmıştır. Organik nar üretiminin yapıldığı Kilis ilindeki organik ve organiğe geçiş yapan nar bahçelerinden toplanan örnekler GLRaV-1 ve PeSV'ye karşı testlendiğinde toplanan 36 örneğin tamamı PeSV, 9 tanesi de GLRaV-1 ile pozitif bulunmuştur. Organik nar bahçelerinin yüksek oranda virüsle bulaşık bulunmasının olası nedenleri, her iki virüsün de son yıllarda saptanmasından dolayı organik nar bahçesi tesisinde kullanılan fidanların dikim öncesi virüslere karşı testlenme olanağının bulunmaması ve enfekteli nar bitkilerinden alınan çeliklerle yapılan fidan üretimi olarak değerlendirilmiştir.