Yazar "İlhan, Emre" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 5 / 5
  • Küçük Resim
    Öğe
    Diversity analysis of genetic, agronomic, and quality characteristics of bread wheat (Triticum aestivum L.) cultivars grown in Turkey
    (2016) Erayman, Mustafa; İlhan, Emre; Eren, Abdil Hakan; Güngör, Hüseyin; Akgöl, Batuhan
    Turkey is an important bread wheat producer. The objective of this study was to dissect the diversity of genetic, agronomic, and quality characteristics of bread wheat cultivars grown on 25% of the total wheat area in Turkey. A total of 24 wheat cultivars and 5 wild progenitors of wheat were examined using 24 simple sequence repeat (SSR) primers with a known physical locus on the A, B, and D genomes of hexaploid wheat. A total of 72 bands produced 939 alleles on the wheat cultivars and wild progenitors. Markers were efficient in discriminating the species and the highest genetic diversity information was obtained from the markers Xgwm312 and Xgwm372. Microsatellite markers clearly separated cv. Pandas from all other cultivars although it was closely related to most of them in terms of agronomic and quality traits. Four agronomic characteristics including yield component traits and eight bread quality analyses were used for the diversity analyses. A significant association between morphological and bread wheat quality traits was observed while the correlation was weak with the genetic data. Cultivars were also classified with respect to release year and origin. Molecular variance between old (released before the year 2000) and new cultivars accounted for 1% of the total variation and the variance was 3% between national and foreign cultivars. Results showed that the number of alleles was lower in national and new cultivars compared to foreign and old cultivars. Therefore, breeding sources do not appear to improve the genetic base of wheat cultivars in Turkey. Introducing new variation sources may be needed to broaden the narrowed gene pool of bread wheat.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Domates fw2.2 verim geninin buğday ortologlarının klonlanması ve önemli buğday çeşitlerinin genomik ve fonksiyonel genomik bazında fw2.2 buğday ortologu ile taranması
    (Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi, 2013) İlhan, Emre; Erayman, Mustafa
    Son yıllarda nükleotid ve protein veri tabanlarının geliştirilmesi ortolog genlerin türler içinde ve türler arasında kullanılma ihtimalini doğurmuştur. Ortolog genlerin türler arasında benzer fonksiyona sahip oldukları düşünülmektedir. Domateste bulunan fw2.2 geni domateste meyve ağırlığını artırması nedeniyle verim artışına doğrudan katkıda bulunan bir gendir. Bu genin buğdayda da bulunması ve farklı allellerinin teşhisi çok karmaşık bir karakter olan verimi anlamamıza yardımcı olacaktır. Bu çalışmada ekmeklik ve makarnalık buğday çeşitleri ile buğdayın yabani ataları ilgili genin buğdaydaki ortoloğu baz alınarak kullanılan primerler sayesinde gen ifade farklılıkları ve nükleotid polimorfizmleri incelenmiştir. Çalışma sonunda gen ifadesi yönünden tür ve çeşitler arasında büyük varyasyonlar görülmüş özellikle alternatif ekmeklik buğdayların gen ifadesi ile verim arasında negatif bir ilişki gözlenmiştir. Çeşitler arasında nükleotid polimorfizmleri belirlenmiş ve polimorfizm genin farklı bölgelerinde görülmüştür. Hem gen ifade farklılıkları hem de nükleotid polimorfizmindeki geniş varyasyon bu aday genin buğdayda fonksiyonel işaretleyici olarak kullanılma ihtimalini güçlendirmektedir. Bu genin buğdayın verim ve diğer agronomik karakterlerle ilişkilendirilmesi için daha detaylı çalışmalara ihtiyaç vardır. Farklı bir türden in silico yöntemlerle domateste bulunan bu genin buğday çeşit ve türlerin teşhisinde kullanılabilme potansiyelinin araştırılması yönünden bu çalışma öncülük teşkil etmektedir.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Genetic structure and diversity of Adonis L. (Ranunculaceae) populations collected from Turkey by inter-primer binding site (iPBS) retrotransposon markers
    (Karadeniz Teknik Üniversitesi, 2019) Hossein Pour, Arash; Karahan, Faruk; İlhan, Emre; İlçim, Ahmet; Haliloğlu, Kamil
    The genus Adonis L. is a member of Ranunculaceae and consists of perennial and annual herbaceous plants included in the tribe Adonideae under the subfamily Ranunculoideae. Botanically, Ranunculaceae comprises vital medicinal plants. Molecular markers are one of the most effective tools for exploring genetic variation that can enhance breeding efficiency. To identify the genetic diversity of 62 Adonis ecotypes collected from different regions in Turkey, the interprimer binding site (iPBS) retrotransposon system was used. Of the 83 iPBS primers used, 10 provided sufficient polymorphic data, generating a total of 204 alleles. The number of iPBS bands per individual was 3.29, and the number of alleles per polymorphic locus ranged from 8 to 35, with an average of 20.30. The average polymorphism percentage was 99.50%, and polymorphic information content ranged from 0.16 to 0.39. The highest average number of alleles, Nei’s genetic diversity (h), and Shannon’s information index (I) were obtained from A. volgensis species (1.64, 0.39, and 0.58,respectively), whereas the lowest values (1.41, 0.29, and 0.46, respectively) were found in A. flammea species. The analysis of molecular variance revealed significant variance within the population (71%), whereas no significant genetic variation was observed among the different species (29%). Cluster analysis according to unweighted pair-group mean average (UPGMA) divided 62 Adonis ecotypes into four major clusters. According to the principal coordinate analysis, the first three principal coordinates accounted for 81.51% of total variation. Genetic structure analysis of the studied germplasm using the Bayesian method revealed four subpopulations with an average of 0.2634 for expected heterozygosity and 0.2154 for population differentiation measurements. The results of this study suggested that iPBS markers could be used in the identification of genetic diversity among the Adonis species.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Serin iklim tahıllarında virüs kaynaklı gen susturma : BSMV kullanımı
    (2013) İlhan, Emre; Eren, Abdil Hakan; Erayman, Mustafa
    Bitkiler doğada canlılıklarını sürdürebilmek için çeşitli savunma mekanizmaları geliştirmişlerdir. RNA ortamlı antiviral savunma mekanizması olarak bilinen Virüs Kaynaklı Gen Susturma (VIGS) bu mekanizmalardan biridir. Virüsle enfekte olmuş bitkilerde, virüs genomuna karşı savunma mekanizması çalışmaktadır. Aynı zamanda hedef geni taşıyan virüs vektörleri homolog içgen mRNA’larını da bozabilmektedir. Bununla birlikte VIGS genin fonksiyonunu anlamada ve fonksiyonel genomik analizleri için kullanılmaktadır. Birçok bitki için virüs vektörleri geliştirilmiştir. Son zamanlarda tahıllar için Arpa Çizgili Mozaik Virüsü (Barley Stripe Mosaic Virus = BSMV) kullanılmaya başlanmıştır. BSMV geniş bir konukçu aralığına sahip pozitif polariteli bir RNA virüsü olup, Hordeivirüs genusunun bir üyesidir. Üç farklı genom RNA (?, ? ve ?)’ dan oluşmaktadır. Bu çalışmada BSMV vektörünün çalışma prensibi ve bazı tahıllarda BSMV – VIGS’in uygulamaları hakkında bilgi verilmiştir.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Transferability of SSR markers from distantly related legumes to Glycyrrhiza species
    (2014) Erayman, Mustafa; İlhan, Emre; Güzel, Yelda; Eren, Abdil Hakan
    Licorice (Glycyrrhiza spp.) is an important medicinal plant and its distribution of natural habitats has been shrinking day by day due to extensive collection. Genetic diversity identifcation will likely assist in conserving the diferent Glycyrrhiza species. A total of 127 simple sequence repeat (SSR) markers from Medicago truncatula Gaertn., Phaseolus vulgaris L., and Cicer arietinum L. were used and 26 of them were amplifed on Glycyrrhiza genomes. Te highest transferability rate (33%) was obtained from M. truncatula markers, while the highest genetic diversity values were obtained in P. vulgaris markers. Te markers BM153 and PV-ag004 from P. vulgaris had the largest polymorphism information content. Te amplifed primers were also used to identify genetic diversity among three Glycyrrhiza species. Te gene diversity values among Glycyrrhiza species appeared to be similar; however, donor species mostly had lower diversity values than those of Glycyrrhiza species. Additionally, the genetic analysis showed that G. favescens Boiss. subsp. favescens is more distantly related to species G. glabra L. var. glandulifera and G. echinata L. Te number of alleles was mostly higher than in the donor species, possibly proposing a multiallelic and/or polyploid structure in Glycyrrhiza species.