Yazar "Kocabağ, Hamide Deniz" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 2 / 2
  • Küçük Resim
    Öğe
    Bağlarda yeni saptanan virüslerin Hatay ve Tekirdağ ili bağ alanlarında PCR yöntemiyle belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonu
    (Turkish Science and Technology Publishing (TURSTEP), 2019) Kocabağ, Hamide Deniz; Çağlayan, Kadriye; Gazel, Mona
    Son yıllarda yeni nesil sekans analiz tekniklerinin yaygın olarak kullanılması bağlarda ve diğer bitki türlerinde etiyolojisi bilinmeyen birçok virüs hastalığının etmeninin belirlenmesini sağlamıştır.. Bağlarda bu teknoloji ile saptanan yeni virüslerden en önemlileri Grapevine Pinot Gris Virus (GPGV), Grapevine Syrah Virus-1 (GSyV-1), Grapevine Red-blotch associated Virus (GRBaV) ve Grapevine Roditis Leaf Discoloration Virus (GRLDaV)’dür. Bu çalışmanın amacı Tekirdağ ve Hatay ili bağ alanlarında GPGV, GSyV-1, GRBaV ve GRLDaV varlığının PCR ve DNA dizileme yöntemleriyle saptanması ve karakterizasyonlarının yapılmasıdır. Bu çalışma kapsamında virüs benzeri simptom gösteren omcaların yanı sıra simptomsuz omcalardan da örnekler alınmış ve toplam olarak Tekirdağ ilinden 191, Hatay ilinden ise 111 örnek toplanmıştır. Tekirdağ ilinden toplanan bağ örneklerinde %43,62 oranında GPGV, %1,04 oranında GSyV1 saptanmıştır. Hatay ilinden toplanan örneklerde ise sadece %0,9 oranında GSyV1 saptanmış ve testlenen örnekler GPGV, GRBaV, GRLDaV açısından temiz bulunmuştur. Tekirdağ örneklerinin GPGV için yapılan RT-PCR analizlerinde kısmi kılıf protein, hareketlilik, ve replikaz genlerini çoğaltan primerler kullanıldığında sırasıyla 411 bp, 302 bp ve 618 bp büyüklüğünde PCR ürünleri elde edilmiştir Bu ürünlerin doğrudan iki yönlü sekans analizi sonucunda ve her üç gen bölgesinin de nükleotid dizilimlerinin gen bankasında kayıtlı farklı GPGV izolatları ile yüksek oranda homoloji gösterdiği saptanmıştır.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Bağlarda yeni saptanan virüslerin Hatay ve Tekirdağ ili bağ alanlarında PCR yöntemiyle saptanması ve moleküler karakterizasyonu
    (Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi, 2016) Kocabağ, Hamide Deniz; Çağlayan, Kadriye
    Son yıllarda yeni nesil sekans analiz tekniklerinin yaygın olarak kullanılması bağlarda ve diğer bitki türlerinde bir çok bilinmeyen yeni virüsün saptanmasına neden olmuştur. Bağlarda bu teknoloji ile saptanan yeni virüsler Grapevine pinot gris virus (GPGV), Grapevine syrah virus 1 (GSyV-1), Grapevine red blotch-associated virus (GRBaV) ve Grapevine roditis leaf discoloration associated virus (GRLDaV)'dür. Bu çalışmanın amacı Tekirdağ ve Hatay ili bağ alanlarında bu yeni virüslerin varlığının PCR ve sekans analiz yöntemleriyle saptanması ve karakterizasyonlarının yapılmasıdır. Virüs simptomuna benzer belirtiler gösteren bağlardan Tekirdağ ilinden 191, Hatay ilinden ise 111 örnek toplanmıştır. Testlenen örneklerden Tekirdağ ilinden toplanan yerli ve yabancı bağ örneklerinde %43,62 oranında GPGV, %17,07 oranında ise GSyV1 saptanmıştır. Hatay ilinden toplanan örneklerde ise sadece %11 oranında GSyV1 saptanmış ve testlenen örnekler GPGV, GRBaV, GRLDaV açısından temiz bulunmuştur. Tekirdağ örneklerinin RT-PCR analizleri sonucunda kısmi kılıf protein genini çoğaltan 411 bp, kısmi hareketlilik protein genini çoğaltan 302 bp ve replikaz genini çoğaltan 618 bp büyüklüğünde PCR amlikonları elde edilmiştir. Bu ürünlere doğrudan iki yönlü sekans analizi uygulandığında her üç gen bölgesinin de nukleotid dizilimlerinin gen bankasında kayıtlı farklı GPGV izolatları ile yüksek oranda homoloji gösterdiği saptanmıştır.