Yazar "Tunç, Bahar" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 3 / 3
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Adıyaman ili badem ağaçlarını enfekte eden önemli Prunus virüslerinin DAS-ELISA ve RT-PCR analizleri ile saptanması ve karakterizasyonu(2021) Akgül, Sadık; Gazel, Mona; Tunç, Bahar; Çağlayan, KadriyeAmaç: Bu çalışmada, Adıyaman ili genelinde yetişen badem ağaçlarında apple mosaic virus (ApMV), prunus necrotic ring spot virus (PNRSV), prune dwarf virus (PDV), plum pox virus (PPV) ve apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV)’lerinin Double Antibody Sandwich-Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay (DAS-ELISA) ve Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) yöntemleriyle belirlenmesi, elde edilen virüs izolatlarının filogenetik ilişkilerinin ortaya konulması amaçlanmıştır.Yöntemler ve Bulgular: Adıyaman ilinde yetişen badem ağaçlarından simptomlu ve simptomsuz bitki örnekleri toplanmıştır. Toplanan tüm örnekler DAS-ELISA ve RT-PCR yöntemleri ile testlenmiştir. DAS-ELISA ve RT-PCR analizi sonucunda 34 örneğin yalnız PDV ile enfekteli olduğu saptanmış, ancak testlenen örneklerde diğer virüsler bulunmamıştır. RT-PCR ile elde edilen PDV izolatları doğrudan sekanslanmıştır. Nükleotid sekansları birbiriyle ve GenBank'ta depolanan diğer PDV izolatları ile karşılaştırılarak filogenetik olarak analiz edilmiştir. Adıyaman PDV badem izolatlarının filogenetik ağaçta yüksek homolojiyle aynı grupta yer aldığı, GenBank’a kayıtlı diğer PDV izolatlarından ise farklı bir grupta kümelendiği belirlenmiştir. Bu çalışma Adıyaman ili badem ağaçlarında PDV’nin saptanması konusundaki ilk çalışmadır. PDV badem izolatlarından 15 tanesi MW357407-MW357421 erişim numaraları ile GenBankası’na kaydedilmiştir.Genel Yorum: Adıyaman'da yetişen badem ağaçlarında prune dwarf virus (PDV)’unun varlığı, hem DAS-ELISA hem de RT-PCR testleri sonucunda ilk kez bu çalışma ile kanıtlanmıştır. Adıyaman'da yetişen badem ağaçlarının %30,90 oranında PDV ile bulaşık olması, bölgede badem plantasyonlarının kurulması sırasında önlem alınması gerektiğini göstermektedir. Test edilen badem örneklerinde ACLSV, ApMV, PNRSV ve PPV tespit edilmediğinden, ileride yapılacak çalışmalar ile daha geniş alanları tarayarak örnek sayısının artırılması ve virüslere özgü farklı primer çiftleri kullanılarak yeni testlerin yapılması gerekmektedir. Çalışmanın Önemi ve Etkisi: Adıyaman ilinde yetişen badem ağaçlarında önemli Prunus virüslerinin tespiti ve karakterizasyonu ilk kez yapılmıştır.Öğe Hatay ve Tekirdağ illeri bağ alanlarında odun dokusunda deformasyona (Rugose wood) neden olan virüslerin serolojik ve moleküler yöntemlerle saptanması ve karakterizasyonu(Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi, 2016) Tunç, Bahar; Gazel, MonaBağ yetiştiriciliğinin oldukça önemli olduğu Hatay ve Tekirdağ illerinde yetiştirilen farklı bağ çeşitlerinde odun deformasyonuna neden olan etmenleri araştırmak amacıyla 2015-2016 yıllarında çalışmalar yürütülmüştür. Yerli ve yabancı bağ çeşitlerinden olmak üzere Hatay'dan toplam 100, Tekirdağ'dan 133 örnek alınmıştır. Odun deformasyonuna neden olan etmenlerden Grapevine virus A (GVA), Grapevine virus B (GVB), Grapevine virus D (GVD) ve Grapevine rupestris stem pitting associated virus (GRSPaV)'leri DAS-ELISA ve/veya RT-PCR yöntemleri ile araştırılmıştır. DAS-ELISA sonuçlarına göre Hatay'da farklı bağ çeşitlerinde GVA %4,77 enfeksiyon oranında bulunurken, Tekirdağ ilinden alınan örneklerin hiçbirisinde GVA saptanamamıştır. Hatay ve Tekirdağ illerinden alınan bağ örneklerinin RT-PCR yöntemiyle testlenmesi sonucu sırası ile en çok GVA (%69 ve %17), ve GRSPaV (RSP48-49 primeri ile %39 ve %40,6; RSP13-14 primeri ile %41 ve %12,96) bulunmuştur. GVD sadece Hatay ilinde %4 enfeksiyon oranıyla saptanırken GVB testlenen örneklerde bulunamamıştır. En çok rastlanan çoklu enfeksiyonlar ise GVA+GRSPaV (Hatay'da %37, Tekirdağ'da %12) olarak belirlenmiştir. Yapılan RT-PCR analizleri sonucunda GVA (429 bp), GVD (852 bp) RSPaV48-49 (330 bp) ve RSPaV13-14 (339 bp) için beklenen düzeyde DNA amplifikasyonları gözlenmiştir. GRSPaV'ünün seçilen 4 izolatının DNA dizilemesi yapılmış ve Gen Bankasında kayıtlı referans izolatlarla % 98-99 oranında benzerlik gösterdiği saptanmıştır.Öğe Yeni viral etmenlerin kiraz ağaçlarında (Prunus avium L.) yüksek kapasiteli dizileme ile saptanması, biyolojik özelliklerinin araştırılması ve organik kiraz bahçelerinde taranması(Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi, 2022) Tunç, Bahar; Gazel, MonaBu çalışma kapsamında, önemli kiraz üretiminin yapıldığı İzmir, Konya Bursa, Osmaniye, Antalya illerinden temin edilen kiraz örneklerinde ve Niğde ilinde organik yetiştiriciliğin yapıldığı kirazlarda kiraz Türkiye virüsünün (cherry virus Turkey, CVTR) yaygınlık durumunun RT-PCR analizleri ile saptanması ve CVTR'nin biyolojik özelliklerinin araştırılması amaçlanmıştır. Ayrıca, virüs-benzeri simptom gösterdiği halde bilinen etmenlerin saptanamadığı kiraz örneklerinin yüksek kapasiteli dizileme yöntemi ile analiz edilmesi ve belirlenen yeni virüslerin yaygınlık oranının belirlenmesi hedeflenmiştir. Bunun yanında, organik ve geleneksel tarım yapılan kiraz bahçelerindeki viral etmenlerin karşılaştırılması yapılmıştır. Bu çalışma kapsamında İzmir, Konya Bursa, Osmaniye, Antalya illerinde ve organik kiraz yetiştiriciliği yapılan Niğde ilinden virüs benzeri simptom gösteren toplam 259 kiraz örneği toplanmıştır. Osmaniye ili Bahçe ilçesinden alınan yoğun virüs simptomlarının gözlendiği 28 kiraz örneği virion-associated nucleic acids (VANA) ekstraksiyon ve Illumina dizileme yöntemi kullanılarak analiz edilmiştir. Analiz sonucunda, cherry latent virus-1 (CLV-1)'in tüm genomu elde edilmiş olup, bu virüs RT-PCR analizleri ile doğrulanmıştır. Bu örneklerde ayrıca cherry green ring mottle virus (CGRMV) ve cherry necrotic rusty mottle virus (CNRMV) virüsleri de tespit edilmiştir. Araştırma kapsamındaki tüm kiraz örneklerinin RT-PCR analizleri sonucunda CLV-1 %23,9, CVTR %19,17, CGRMV %10,4, CNRMV %3,86, oranında saptanmıştır. CVTR'nin biyolojik özelliklerinin araştırılması amacıyla Kuş kirazı anacı, Early Burlat, Kwanzan, Ziraat 0900 ve Regina kiraz çeşitleri kullanılmıştır. Odunsu bitkilere aşılama çalışmalarında, ilk yıl yapılan aşılamalarda aşıyla taşınma oranı %100 bulunurken, bu bitkilerden alınan aşı gözleriyle izleyen yıl yapılan aşılamalarda ise bu oran %43,24 olarak tespit edilmiştir. Otsu bitkilere mekanik inokulasyon çalışmaları 3 farklı dönemde Nicotiana benthamiana, N. occidentalis, N. tabacum cv. xanthi, N. tabacum var. white burley, N. glutinosa, Chenopodium quinoa, Cucumis sativus var. philadelphia, Solanum lycopersicum, bitkilerine toplam yapılmış ve her dönemde bitkiler CVTR'ye karşı RT-PCR ile testlenmiştir. Testlenen tüm bitkiler CVTR için negatif olarak saptanmıştır. Niğde ilinde organik kiraz yetiştiriciliğinin yapıldığı 5 bahçeden virüs simptomları gözlenen 27 örnek toplanmış ve CVTR, CLV-1, CGRMV, CNRM'nin yanı sıra kiraz ağaçlarında yaygın görülen PPV, PDV, PNRSV ACLSV ve ApMV virüsleri açısından da RT-PCR analizleri ile testlenmiştir. Testlenen örneklerin %37,03 oranında CVTR, %25,9 oranında CLV-1, %11,11 oranında CGRMV ve %7,4 oranında CNRMV ile enfekteli olduğu tespit edilmiştir. Kiraz ağaçlarında yaygın görülen virüslerden, PDV %14,8 ve PNRSV %3,7 oranında saptanmış olup PPV, ACLSV, ApMV açısından örnekler negatif bulunmuştur.
