Leishmaniasisde gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu için sitokrom b gen bölgesinden tür ayrımı yapabilen primer ve probların tasarlanması: Pilot çalışma
Yükleniyor...
Dosyalar
Tarih
2020
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Amaç: Bu çalışmada, gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile parazitin sitokrom bgen bölgesi kullanılarak leishmaniasis etkeninin (Leishmania donovani, Leishmania major,Leishmania tropica ve Leishmania infantum) tür tayininin belirlenmesi için primer ve problarındizayn edilmesi amaçlanmıştır.Yöntem: Manisa Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Parazit Bankası’nda kriyoprezervasyonuyapılarak sıvı azot tankında saklanmış olan Leishmania suşları uygun koşullarda canlandırılarakbesiyerlerine aktarılmış ve ticari kit ile DNA izolasyonları yapılmıştır. Elde edilen DNA’laraLeishmania’nın yeni tasarladığımız sitokrom b gen bölgesi primer ve prob adayları ve kontrol içindaha önce kullandığımız internal transcribed spacer-1 gen bölgesine özgü tasarlanan primer veproblar kullanılarak gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu erime analizleri uygulanmıştır.Bulgular: Yeni tasarlanan sitokrom b gen bölgesi primer ve probları ile Leishmania tropica,Leishmania major, Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica veLeishmania infantum/donovani hibrit türlerinin genotiplendiği saptanmıştır.Sonuç: Yeni Dünya leishmaniasis etkenleri olan Leishmania brazilensis ve Leishmania amazonensis dışında, Eski Dünya leishmaniasis etkeni olan Leishmania tropica, Leishmania major,Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica ve Leishmania infantum/donovani hibritinin yeni tasarlanan sitokrom b gen bölgesi primer ve probları kullanılarak başarı-lı bir şekilde genotiplendirildiği görülmüştür.
Objective: In this study, it was aimed to design primers and probes to identify Leishmania species (Leishmania donovani, Leishmania major, Leishmania tropica and Leishmania infantum) through Real Time Polymerase Chain Reaction using the cytochrome b gene region. Method: The Leishmania strains, which have been cryopreserved and stored in liquid nitrogen in the Parasite Bank of Manisa Celal Bayar University, were transferred to culture media after being revived under the appropriate conditions and their DNA isolations were conducted using a commercial kit. Real Time Polymerase Chain Reaction melting analyses were conducted for the extracted DNA by utilizing both the candidate primers and probes of cytochrome b gene region, newly designed for Leishmania, and the primers and probes, designed for internal transcribed spacer-1 gene region we had previously used for control. Results: Leishmania tropica, Leishmania major, Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica and Leishmania infantum/donovani hybrid species were managed to be genotyped succesfully using the primers and probes of the newly designed cytochrome b gene region. Conclusion: It has been observed that Old World Leishmania species (Leishmania tropica, Leishmania major, Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica and Leishmania infantum/donovani hybrid), rather than New World Leishmania species (Leishmania brazilensis and Leishmania amazonensis), were successfully genotyped by the primers and probes of the newly designed cytochrome b gene region.
Objective: In this study, it was aimed to design primers and probes to identify Leishmania species (Leishmania donovani, Leishmania major, Leishmania tropica and Leishmania infantum) through Real Time Polymerase Chain Reaction using the cytochrome b gene region. Method: The Leishmania strains, which have been cryopreserved and stored in liquid nitrogen in the Parasite Bank of Manisa Celal Bayar University, were transferred to culture media after being revived under the appropriate conditions and their DNA isolations were conducted using a commercial kit. Real Time Polymerase Chain Reaction melting analyses were conducted for the extracted DNA by utilizing both the candidate primers and probes of cytochrome b gene region, newly designed for Leishmania, and the primers and probes, designed for internal transcribed spacer-1 gene region we had previously used for control. Results: Leishmania tropica, Leishmania major, Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica and Leishmania infantum/donovani hybrid species were managed to be genotyped succesfully using the primers and probes of the newly designed cytochrome b gene region. Conclusion: It has been observed that Old World Leishmania species (Leishmania tropica, Leishmania major, Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica and Leishmania infantum/donovani hybrid), rather than New World Leishmania species (Leishmania brazilensis and Leishmania amazonensis), were successfully genotyped by the primers and probes of the newly designed cytochrome b gene region.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Sitokrom B, GZ-PZR, Leishmania, Cytochrome B, RT-PCR, Leishmania
Kaynak
Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi
WoS Q Değeri
Scopus Q Değeri
Cilt
50
Sayı
2
Künye
Ozbilgin A, Goker Bagca B, HARMAN M, çavuş i, KAYA T, YILDIRIM A, Gunduz C (2020). Leishmaniasisde Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu için Sitokrom B Gen Bölgesinden Tür Ayrımı Yapabilen Primer ve Probların Tasarlanması: Pilot Çalışma. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, 50(2), 86 - 94. 10.5222/TMCD.2020.087
