Tohumluk patates yumrularında patates iğ yumru viroidi (Potato spindle tuber viroid)' nin saptanması
Yükleniyor...
Dosyalar
Tarih
2015
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Farklı patates çeşitlerinde (Agria, Marfona, Hermes, Russet burbank, Granola) ve ayrıca üreticilerin kendi ürettikleri tohumluk yumrularda Patates iğ yumru viroidi (PSTVd)'nin varlığını Reverse Transkripsiyon-Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) yöntemi kullanılarak saptamak amacıyla bu çalışma yürütülmüştür. Yapılan bu çalışmada iki farklı ekstraksiyon yöntemi ile toplam 398 yumru ekstrakte edilmiştir. "Silica capture" yöntemi ile yapılan ekstraksiyonlarda nanodrop spektrofotometre ile yapılan ölçümlerde ekstraktın içinde RNA miktarının çok az ve kalitesiz olduğu gözlenirken, LiCl yöntemi ile yapılan ekstraksiyonlarda elde edilen RNA'ların çok iyi kalitede olmamasına rağmen PCR yapılabilecek düzeyde ve kalitede RNA miktarının olduğu saptanmıştır. Ekstrakte edilen RNA'ların PSTVd'ine karşı testlemelerinde iki farklı primer çifti (PSTVd1/PSTVd2 ve 3H1/2H1) kullanılmıştır. PCR ürünleri %1-1,5 agaroz jelde elektroforez işlemi ile görsel hale getirilmiştir. Her iki primer çifti ile yapılan RT-PCR testleri sonucunda testlenen tüm yumrular negatif olarak saptanmıştır.
This study was conducted to detect Potato spindle tuber viroid (PSTVd) by Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) method in different potato cultivars (Agria, Marfona, Hermes, Russet burbank, Granola) and also in seed tuber producing by growers. In this study total 398 tuber was extracted by using two different extraction methods. RNA amount was measured by nanodrop spectrophotometer. According to "Silica capture" extraction method, RNA quantity has low quality and was not enough. In LiCl extraction method, although RNA's havent a good quality but RNA quantity has found enough and quality for making PCR. Extracted RNA's were tested for PSTVd with two different primer (PSTVd1/PSTVd2 and 3H1/2H1) pairs. PCR product were visualized by 1-1.5% agarose gel. According to RT-PCR analysis made with two primers, all tested tubers were found PSTVd free.
This study was conducted to detect Potato spindle tuber viroid (PSTVd) by Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) method in different potato cultivars (Agria, Marfona, Hermes, Russet burbank, Granola) and also in seed tuber producing by growers. In this study total 398 tuber was extracted by using two different extraction methods. RNA amount was measured by nanodrop spectrophotometer. According to "Silica capture" extraction method, RNA quantity has low quality and was not enough. In LiCl extraction method, although RNA's havent a good quality but RNA quantity has found enough and quality for making PCR. Extracted RNA's were tested for PSTVd with two different primer (PSTVd1/PSTVd2 and 3H1/2H1) pairs. PCR product were visualized by 1-1.5% agarose gel. According to RT-PCR analysis made with two primers, all tested tubers were found PSTVd free.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Biyoloji, Biology
