Molecular systematic analysis of shad species (Alosa spp.) from Turkish marine waters using mtDNA genes

Basit Öğe Kaydı
dc.contributor.authorTuran, Cemal
dc.contributor.authorErgüden, Deniz
dc.contributor.authorGürlek, Mevlüt
dc.contributor.authorÇevik, Cem
dc.contributor.authorTuran, Funda
dc.date.accessioned2019-07-16T16:00:23Z
dc.date.available2019-07-16T16:00:23Z
dc.date.issued2015
dc.departmentHatay Mustafa Kemal Üniversitesien_US
dc.description.abstractTürk deniz sularından beş tirsi türünün (Alosa caspia, A. fallax nilotica, Alosa maeotica, Alosa immaculata, Alosa tanaica) filogenetik ilişkisi mitokondriyal DNA polimeraz zincir reaksyionu-restriksiyon parça uzunluk polimorfizmi ile araştırılmıştır. PCR ile uygulamaya tabi tutulmuş altı gen bölgesi; NADH 5/6, NADH 3/4 cytochrom b, COX, 16 S rRNA ve D-Loop, yedi restriksiyon enzimi ile (BsurI, AluI, EheI, Hin6I, RsaI, XhoI Bsh1236I) sırasıyla kesilmiştir. Filogenetik analiz için bir araya getirilmiş altı genden toplam 45 haplotip beş tirsi türünden tespit edilmiş ve ortalama haplotip çeşitliliği ile türler içerisindeki nükleotit çeşitliliği sırasıyla 0,8809 ve 0,0022 olarak bulunmuştur. En yüksek genetik farklılık A. caspia ve A. maeotica (0,013727) arasında, en düşük A. immaculata ve A. tanaica (0,003073) arasında gözlenmiştir. Monte Carlo (X 2 ) ikili genetik karşılaştırma sonucunda tüm türler arasında yüksek derecede önemli farklılıklar ortaya çıkmıştır (P<0,001). Komşu katılımlı ağaçta oluşan iki ana grupta; birinci grup A. caspia ve A. f. nilotica genetik benzerlik olarak birbirine çok yakın görülürken, A. immaculata.bu gruba kardeş grup olmuştur. A. tanaica ise bu grubun içerisinde bir hayli farklı görünmektedir. Alosa cinsi arasında en yüksek genetik farklılaşma gösteren A. maeotica sadece diğer grup içerisinde yer almıştır.en_US
dc.description.abstractThe phylogenetic relationship among five shad species (Alosa caspia, A. fallax nilotica, Alosa maeotica, Alosa immaculata, Alosa tanaica) from Turkish marine waters was investigated with mitochondrial DNA polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism.The six genesegments, NADH 5/6, NADH 3/4cytochrome b, COX, 16 SrRNA and D-Loop, of mtDNA amplified by PCR were digested with seven restriction enzymes, BsurI, AluI, EheI, Hin6I, RsaI, XhoI Bsh1236I, respectively.When all the six genes were combined together for phylogenetic analysis, a total of 45 haplotypes were detected from the five shad species, and the average haplotype diversity and nucleotide diversity within species were 0.8809 and 0.0022 respectively. The average nucleotide diversity and nucleotide divergence among species were 0.009248 and 0.007080 respectively. The highest genetic divergence was observed between A. caspia and A. maeotica (0.013727) and the lowest between A. immaculate and A. tanaica (0.003073). Monte Carlo (X 2 ) pairwise genetic comparison revealed highly significant differences between all species (P&lt;0.001). In the Neighbour-joining tree, there were two main grouping, and in the first group, A. caspia and A. f. nilotica exhibited the closest genetic similarity which was the sister group to A. immaculata. A .tanaicaseems to be the most divergent in this grouping. Another group contained only A. maeotica which showed the highest genetic differentiation among Alosa genus.en_US
dc.identifier.endpage155en_US
dc.identifier.issn1303-2712
dc.identifier.issue1en_US
dc.identifier.scopus2-s2.0-84930343270en_US
dc.identifier.scopusqualityQ2en_US
dc.identifier.startpage149en_US
dc.identifier.urihttps://trdizin.gov.tr/publication/paper/detail/TVRnd09EUXhNUT09
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12483/2292
dc.identifier.volume15en_US
dc.identifier.wosWOS:000359360200016en_US
dc.identifier.wosqualityQ4en_US
dc.indekslendigikaynakWeb of Scienceen_US
dc.indekslendigikaynakScopusen_US
dc.indekslendigikaynakTR-Dizinen_US
dc.language.isoenen_US
dc.relation.ispartofTurkish Journal of Fisheries and Aquatic Sciencesen_US
dc.relation.publicationcategoryMakale - Ulusal Hakemli Dergi - Kurum Öğretim Elemanıen_US]
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectZoolojien_US
dc.subjectBalıkçılıken_US
dc.titleMolecular systematic analysis of shad species (Alosa spp.) from Turkish marine waters using mtDNA genesen_US
dc.title.alternativeMtDNA genleri kullanarak türk deniz sularında tirsi türlerinin (Alosa spp.) moleküler sistematik analizien_US
dc.typeArticleen_US

Dosyalar

Orijinal paket
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim
İsim:
Turan, Cemal 2015.pdf
Boyut:
490.58 KB
Biçim:
Adobe Portable Document Format
Açıklama:
Tam Metin / Full Text
İndir

Koleksiyon

TR-Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu
Scopus İndeksli Yayınlar Koleksiyonu
WoS İndeksli Yayınlar Koleksiyonu