Is total RNA extraction possible from small volume goat milk (7.5 mL) for RT-qPCR studies ?
| dc.contributor.author | Eraslan Şakar, Aysel | |
| dc.contributor.author | Özkan, Hüseyin | |
| dc.contributor.author | Yakan, Akın | |
| dc.date.accessioned | 2019-06-27T13:39:42Z | |
| dc.date.available | 2019-06-27T13:39:42Z | |
| dc.date.issued | 2018 | en_US |
| dc.department | Veteriner Fakültesi | en_US |
| dc.description.abstract | This study aimed to study the application availability of RT-qPCR by total RNA extraction from small volumes of milk samples. RNA was extracted from 7,5 mL milk. Amount and quality of RNA and Ct results obtained via RT-qPCR were compared with the values obtained from 100 mL milk. A260/A280 ratio of absorbance was found to be higher than 1,70 in all samples. Mean RNA purity were identified as ,87±0,07 and 1,77±0,01 in 7,5 mL and 100 mL milk samples respectively. While mean total RNA concentration was 149,37±43,40 μg/mL in 7,5 mL milk sample, it was measured to be 309,03±77,82 μg/mL in 100 mL milk sample. Mean somatic cell count (SCC) of the 8 goats used in the study was calculated as 486,37±185,68 x 103 cells/mL. Ribosomal Protein Lateral Stalk Subunit P0 (RPLP0) gene which is accepted as the reference gene in goat somatic cells was used to test application availability of obtained RNA in RT-qPCR. Mean Ct results were found to be 20,33±0,39 and 19,51±0,41 in 7,5 mL and 100 mL groups respectively, creating no difference between the two groups (P = 0,170). Quality and amount of obtained RNA and Ct results showed that it was possible to extract RNA by using 7,5 mL milk. | en_US |
| dc.description.abstract | Bu çalışmada küçük hacimlerdeki süt örneklerinden total RNA izolasyonu yapılarak, RT-qPCR çalışmalarının yapılabilirliğinin araştırılması amaçlanmıştır. Bunun için 7,5 mL sütten RNA izole edilmiş; RNA miktarı, kalitesi ve RT-qPCR’dan elde edilen Ct sonuçları 100 mL sütten elde edilen değerlerle karşılaştırılmıştır. Kullanılan bütün örneklerde A260/A280 absorbans oranı 1,70’ten büyük, RNA saflığının ortalaması 7,5 mL örnek grubunda 1,87±0,07, 100 mL örnek grubunda 1,77±0,01 olarak tespit edilmiştir. Total RNA konsantrasyonunun ortalaması 7,5 mL örnek grubunda 149,37±43,40 μg/mL iken, 100 mL örnek grubunda 309,03±77,82 μg/mL olarak ölçülmüştür. Kullanılan 8 keçinin somatik hücre sayısının (SCC) ortalaması ise 486,37±185,68 x 103 olarak hesaplanmıştır. Elde edilen RNA’ların RT-qPCR’da kullanılabilirliğini test etmek için keçi süt somatik hücrelerinde referans gen olarak kabul edilen Ribosomal Protein Lateral Stalk Subunit P0 (RPLP0) geni kullanılmıştır. 7,5 mL grubunda Ct sonuçlarının ortalaması 20,33±0,39, 100 mL grubunda 19,51±0,41 olarak bulunmuş olup, iki grup arasında bir fark oluşmamıştır (P=0,170). Elde edilen RNA’nın miktarı, kalitesi ve Ct sonuçları 7,5 mL süt kullanılarak da RNA izolasyonu yapılabileceğini göstermiştir. | en_US |
| dc.identifier.citation | Șakar, A. E., Özkan, H., & Yakan, A. (2018). Is total RNA extraction possible from small volume goat milk (7.5 mL) for RT-qPCR studies?. Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, 65(1), 57-61. | en_US |
| dc.identifier.doi | 10.1501/Vetfak_0000002827 | en_US |
| dc.identifier.endpage | 61 | en_US |
| dc.identifier.issue | 1 | en_US |
| dc.identifier.scopus | 2-s2.0-85037039548 | en_US |
| dc.identifier.scopusquality | N/A | en_US |
| dc.identifier.startpage | 57 | en_US |
| dc.identifier.uri | https://dx.doi.org/10.1501/Vetfak_0000002827 | |
| dc.identifier.uri | https://hdl.handle.net/20.500.12483/122 | |
| dc.identifier.volume | 65 | en_US |
| dc.identifier.wos | WOS:000416989900008 | en_US |
| dc.identifier.wosquality | Q4 | en_US |
| dc.indekslendigikaynak | Web of Science | en_US |
| dc.indekslendigikaynak | Scopus | en_US |
| dc.language.iso | en | en_US |
| dc.publisher | Ankara Üniversitesi | en_US |
| dc.relation.ispartof | Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi | en_US |
| dc.relation.publicationcategory | Makale - Ulusal Hakemli Dergi - Kurum Öğretim Elemanı | en_US |
| dc.rights | info:eu-repo/semantics/openAccess | en_US |
| dc.subject | Goat | en_US |
| dc.subject | Milk Volume | en_US |
| dc.subject | RNA Extraction | en_US |
| dc.subject | RT-qPCR | en_US |
| dc.subject | Keçi | en_US |
| dc.subject | Süt Hacmi | en_US |
| dc.subject | RNA Ekstraksiyonu | en_US |
| dc.title | Is total RNA extraction possible from small volume goat milk (7.5 mL) for RT-qPCR studies ? | en_US |
| dc.title.alternative | RT-qPCR çalışmaları için küçük hacimli keçi sütlerinden (7.5 mL) total RNA ekstraksiyonu mümkün müdür ? | en_US |
| dc.type | Article | en_US |
