Detection of ‘Candidatus Phytoplasma pyri’in different pear tissues and sampling time by PCR-RFLP analyses

Basit Öğe Kaydı
dc.authorid0000-0001-7162-0336en_US
dc.authorid0000-0002-4381-4149en_US
dc.contributor.authorGazel, Mona
dc.contributor.authorUlubaş Serçe, Çiğdem
dc.contributor.authorÖztürk, Harun
dc.contributor.authorÇağlayan, Kadriye
dc.date.accessioned2021-09-28T06:43:08Z
dc.date.available2021-09-28T06:43:08Z
dc.date.issued2020en_US
dc.departmentZiraat Fakültesien_US
dc.description.abstractAims: In this study, the best sampling time and tissues for phytoplasma detection in twenty pear trees (cv. Deveci) infected by ‘Candidatus Phytoplasma pyri’, causal agent of pear decline disease, in Bursa province of Turkey were investigated. Methods and Results: Sampling was done throughout the year in leaf midribs, shoot and root tissues, where as the flower tissues were tested once a year in March and fruit tissues in September. All samples were analyzed by nested-PCR using P1/P7 and fU5/rU3 universal primer pairs. Nested PCR products were digested with RsaI and SspI restriction enzymes. The results revealed that the detection rate of ‘Ca. P. pyri’ in different plant tissues was greatly depending on the sample collection period. The fruit tissues, which were only sampled in September due to the ripening time of Deveci pear cultivar in Bursa, showed the highest detection rate of ‘Ca. P. pyri’ (100%) followed by flower tissues (75%). The average detection rate in root, shoot tissues and leaf midribs was found as 43.75, 39.58 and 16.25%, respectively. The present results showed that the best plant tissues for detecting ‘Ca. P. pyri’ in pear trees were fruit columella and flowers. The highest detection rate of this phytoplasma in root tissues was found from November to March, whereas it could be detected whole year around except summer months in shoot samples in Turkey. Conclusions: For 'Candidatus Phytoplasma pyri', detection, if there is no seasonal limitation for testing, the most suitable tissues are fruits and flowers. When it comes to testing throughout the year, the most suitable tissues were determined as the root, the phloem and cambium layer of the shoots and the leaves, respectively. Significance and Impact of the Study: This study on seasonal variations of ‘Candidatus Phytoplasma pyri’ in different pear tissues has been first time investigated in Turkey. This preliminary data provides important knowledge on molecular detection of Ca. P. pyri, causal agent of pear decline disease for further studies and sertification-quarantine programmes of pear trees in Turkey.en_US
dc.description.abstractAmaç: Bu çalışmada, ülkemizde Bursa ilinde saptanmış olan armut yıkım fitoplazması (‘Candidatus Phytoplasma pyri’, PD) ile enfekteli 20 armut ağacı (Deveci çeşidi) seçilerek etmenin teşhis edilmesinde en uygun örnekleme zamanı ve bitki dokusunun belirlenmesi amaçlanmıştır. Yöntem ve Bulgular: Yaprak, sürgün ve kök dokularında yıl boyunca örnekleme yapılırken çiçek dokuları Mart ayı, meyve dokuları ise Eylül ayında olmak üzere yılda bir kez testlenmiştir. Tüm örnekler P1/P7 ve fU5/rU3 üniversal primer çiftleri kullanılarak nested-PCR yöntemiyle analiz edilmiştir. Nested-PCR ürünleri RsaI ve SspI restriksiyon enzimleri ile kesime tabi tutulmuştur. Elde edilen sonuçlara göre farklı bitki dokularında ‘Ca. P. pyri ‘nin saptanma oranının büyük ölçüde örnek toplama peryoduna bağlı olduğunu ortaya koymuştur. Bursa ili koşullarında Deveci armut çeşidinin olgunlaşma dönemine göre sadece Eylül ayında örneklenen meyve dokularınde yüksek oranda ‘Ca. P. pyri’ tespit edilirken (% 100), bunu çiçek dokuları (%75) izlemiştir. Kök, sürgün ve yapraklarda ortalama tespit oranı sırasıyla % 43.75, 39.58 ve 16.25 olarak bulunmuştur. Elde edilen sonuçlar armut ağaçlarında ‘Ca P. pyri’ nin saptanması için en iyi bitki dokularının meyve kolumellası ve çiçek olduğunu göstermiştir. Bu fitoplazmanın kök dokulardaki en yüksek tespit oranı Kasım-Mart ayları arasında bulunurken, ülkemizde sürgün örneklerinde yaz ayları hariç bütün yıl tespit edilebildiği belirlenmiştir. Genel Yorum: 'Candidatus Phytoplasma pyri'nin testlenmesi için mevsimsel açıdan bir sınırlama olmaması durumunda en uygun dokular meyve ve çiçekler olup yıl boyunca testleme yapılması söz konusu olduğunda ise sırasıyla en uygun dokular kök, sürgünlerin floem ve kambiyum tabakası ve yapraklar olarak belirlenmiştir. Çalışmanın Önemi ve Etkisi: Farklı armut dokularında 'Candidatus Phytoplasma pyri' varlığının mevsimsel dağılımı konusunda yapılan bu çalışma ülkemizde ilk kez yapılmıştır. Elde edilen veriler, Türkiye’de armut ağaçlarında sertifikasyon-karantina programları için ve armut yıkım fitoplazmasının etmeni Ca. P. pyri’nin moleküler tespiti konusunda önemli bilgiler sağlamıştır.en_US
dc.identifier.citationGAZEL, M., SERÇE, Ç. U., ÖZTÜRK, H., & ÇAĞLAYAN, K. (2020). Detection of ‘Candidatus Phytoplasma pyri’in different pear tissues and sampling time by PCR-RFLP analyses. Mustafa Kemal Üniversitesi Tarım Bilimleri Dergisi, 25(3), 406-412.en_US
dc.identifier.endpage412en_US
dc.identifier.issn1300-9362
dc.identifier.issn2667-7733
dc.identifier.issue3en_US
dc.identifier.startpage406en_US
dc.identifier.trdizinid397763en_US
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12483/3319
dc.identifier.volume25en_US
dc.indekslendigikaynakTR-Dizinen_US
dc.language.isoenen_US
dc.publisherHatay Mustafa Kemal Üniversitesien_US
dc.relation.ispartofMustafa Kemal Üniversitesi Tarım Bilimleri Dergisien_US
dc.relation.publicationcategoryMakale - Ulusal Hakemli Dergi - Kurum Öğretim Elemanıen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectPearen_US
dc.subjectFloweren_US
dc.subjectFruiten_US
dc.subjectShooten_US
dc.subjectRooten_US
dc.subjectPhytoplasmaen_US
dc.subjectPCR-RFLPen_US
dc.subjectArmuten_US
dc.subjectÇiçeken_US
dc.subjectMeyveen_US
dc.subjectSürgünen_US
dc.subjectKöken_US
dc.subjectFitoplazmaen_US
dc.titleDetection of ‘Candidatus Phytoplasma pyri’in different pear tissues and sampling time by PCR-RFLP analysesen_US
dc.title.alternativeFarklı armut dokularında ve örnekleme zamanında ‘Candidatus Phytoplasma pyri’’nin PCR-RFLP analizleri ile saptanmasıen_US
dc.typeArticleen_US

Dosyalar

Orijinal paket
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim
İsim:
Gazel-Mona-2020.pdf
Boyut:
1.25 MB
Biçim:
Adobe Portable Document Format
Açıklama:
Tam Metin / Full Text
İndir
Lisans paketi
Listeleniyor 1 - 1 / 1
[ N/A ]
İsim:
license.txt
Boyut:
1.44 KB
Biçim:
Item-specific license agreed upon to submission
Açıklama:
İndir

Koleksiyon

TR-Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu