Türkiye'de önemli kiraz üretim alanlarında cherry virus a (CVA), little cherry virus 1 (LChV-1) ve little cherry virus 2 (LChV-2)'nin moleküler yöntemlerle saptanması ve karakterizasyonu

Basit Öğe Kaydı
dc.contributor.advisorGazel, Mona
dc.contributor.authorNursal, Erge İrem
dc.date.accessioned2024-05-27T17:24:11Z
dc.date.available2024-05-27T17:24:11Z
dc.date.issued2021en_US
dc.departmentEnstitüler, Fen Bilimleri Enstitüsü, Bitki Koruma Ana Bilim Dalıen_US
dc.description.abstractBu çalışmada Osmaniye, Adana ve Kahramanmaraş illerindeki kiraz bahçelerinde son yıllarda saptanan yeni virüslerin RT-PCR analizleriyle saptanması amaçlanmıştır. Kiraz plantasyonlarında en yaygın simptom olarak yapraklarda kırmızı-kahverengi renklenme ve klorotik lekeler gözlenmiştir. Osmaniye ilinden 67, Kahramanmaraş'tan 62 ve Adana'dan 57 (56 kiraz 1 vişne) olmak üzere toplam 185 kiraz ve 1 vişne örneği toplanmış ve örneklerde little cherry virus-1 (LChV-1), little cherry virus-2 (LChV-2) ve cherry virus A (CVA)'nın varlığı RT-PCR analizleriyle testlenmiştir. LChV-1'in kılıf proteinini (CP) çoğaltan 1LC_12776F/1LC_13223R primer çiftiyle yapılan PCR analizleri sonucunda Osmaniye ilinden 4, Kahramanmaraş'tan 18, Adana'dan 11 (10 kiraz ve 1 vişne) olmak üzere toplam 33 örnekte beklenen düzeyde (449 bp) amplifikasyon elde edilmiştir. Testlenen örneklerin hiçbirinde LChV-2 saptanmazken, CVA'nın poliprotein gen bölgesini çoğaltan CVA1/CVA2 primer çiftiyle yapılan PCR analizleri sonucunda Kahramanmaraş'ta 2 örnekte beklenen düzeyde (834bp) amplifikasyon gözlenmiştir. LChV-1 ve CVA izolatlarına ait PCR ürünlerinin iki yönlü sekans analizi sonucunda elde edilen DNA dizileri Gen Bankasına kayıtlı diğer ülkelerin izolatlarıyla karşılaştırılarak filogenetik ağaçlar oluşturulmuştur. LChV-1 izolatlarının filogenetik ağaçta farklı gruplarda yer aldığı, aralarındaki en yüksek benzerlik oranının %100, en düşük benzerlik oranının ise %81 olduğu ve izolatlar arasında coğrafik bir ilişki bulunmadığı tespit edilmiştir. CVA izolatlarının da filogenetik ağaçta aynı grup içerisinde yer aldığı, birbiriyle %99,384 oranında benzer oldukları tespit edilmiştir. Bu çalışma ile CVA kiraz ağaçlarında, LChV-1 ise vişne ağaçlarında ülkemizde ilk kez saptanmıştır.en_US
dc.description.abstractIn this study, it was aimed to detect new emerging viruses in cherry orchards in Osmaniye, Adana and Kahramanmaraş provinces by RT-PCR analysis. As most common symptoms, red-brown discoloration and chlorotic spot symptoms were observed on the cherry leaves. Totally 185 sweet cherries and 1 sour cherry samples, 67 from Osmaniye province, 62 from Kahramanmaraş and 57 from Adana (56 cherries and 1 sour cherry), were collected and tested for little cherry virus-1 (LChV-1), little cherry virus-2 (LChV-2) and cherry virus A (CVA) by RT-PCR analysis. As a result of PCR analysis performed by using 1LC_12776F/1LC_13223R primer pairs that replicates the coat protein (CP) of LChV-1, 33 samples 4 of which were collected from Osmaniye, 18 from Kahramanmaraş and 11 from Adana (10 cherries and 1 cherry) were found positive and amplification (449 bp) was achieved. Among tested samples, 2 samples in Kahramanmaraş found positive for CVA by using CVA1/CVA2 primer pairs amplifying polyprotein gene of CVA, and expected level of amplification (834bp) was observed whereas no LChV-2 was detected in any of the tested samples. Both direction sequence analyses of PCR products of LChV-1 and CVA isolates were compared with isolates from other countries deposited in the GenBank and phylogenetic trees were drawn. It was found that the LChV-1 isolates are grouped together in a different clade in the phylogenetic tree. The highest similarity among Turkish-LChV-1 isolates was 100%, wheras it was, 81% as lowest. Not any geographical relationship between the isolates were observed. It was determined that CVA isolates are in the same group in the phylogenetic tree and they are 99,384% similar to each other. To our knowledge, CVA in sweet cherry and LChV-1 in sour cherry trees was first time detected in Turkey.en_US
dc.identifier.endpage54en_US
dc.identifier.startpage1en_US
dc.identifier.urihttps://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=RjZwH00oMG4iNa5Sgvlgg2MBvOcUmzk9n7juZiCmK-hBr4a9L6Ahw3ibZDqMW7Jt
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12483/3504
dc.identifier.yoktezid704567en_US
dc.language.isoturen_US
dc.publisherHatay Mustafa Kemal Üniversitesien_US
dc.relation.publicationcategoryTezen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectZiraaten_US
dc.subjectAgricultureen_US
dc.titleTürkiye'de önemli kiraz üretim alanlarında cherry virus a (CVA), little cherry virus 1 (LChV-1) ve little cherry virus 2 (LChV-2)'nin moleküler yöntemlerle saptanması ve karakterizasyonuen_US
dc.title.alternativeDetection and characterization of cherry virus a (CVA), little cherry virus 1 (LChV-1) and little cherry virus 2 (LChV-2) by molecular methods in some important cherry production areas in Turkeyen_US
dc.typeMaster Thesisen_US

Dosyalar

Orijinal paket
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim
İsim:
704567.pdf
Boyut:
1.69 MB
Biçim:
Adobe Portable Document Format
Açıklama:
Tam Metin / Full Text
İndir

Koleksiyon

FBE Tez Koleksiyonu