Yazar "Çağlayan, Kadriye" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 18 / 18
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Adana ve İçel illerinde elma bahçelerinde elma çoklu sürgün fitoplazma hastalığı (Candidatus Phytoplasma mali)’ nın varlığının belirlenmesi(Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi, 2019) Yavuz, Şefika; Gazel, Mona; Çağlayan, KadriyeAmaç: Bu çalışmada Adana ve İçel illerinde Elma çoklu sürgün fitoplazması (Candidatus Pyhtoplasma mali) nın varlığı araştırılmıştır. Yöntem ve Bulgular: Adana ve İçel illerinde elma yetiştirilen alanlarda 2013-2016 yılları arasında yapılan arazi çalışmaları sırasında fitoplazma hastalıkları açısından 39 bahçe ve 234 ağaç incelenmiştir. Örneklerin DNA izolasyonları, PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) ve RFLP (Restriksiyon Fragment Uzunluklu Polimorfizm) analizleri yapılmıştır. Sonuçlara göre PCR/RFLP analizleriyle testlenen 234 örnekten 14 tanesi “Candidatus Pyhtoplasma mali” pozitif kontrolü ile aynı büyüklükte amplifikasyon oluşturmuştur. Genel Yorum: Elma (Malus domestica Borkh.), ülkemizde uzun yıllardır yetiştirilen, yumuşak çekirdekliler arasında yer alan, önemli üretim alanına sahip ılıman iklim meyvelerindendir. EÇSF ülkemiz karantina listesinde yer alan ve dünyada elma üretimini ekonomik ölçüde sınırlandıran bir hastalıktır. Bu nedenle hastalığın elma yetiştiriciliği yapılan alanlardaki durumu önem arz etmektedir. Çalışmanın Önemi ve Etkisi: Bu çalışma Adana ve İçel illerinde EÇSF’nin varlığının tespitine yönelik yapılan bir araştırma olup özellikle İçel ilinde enfeksiyon varlığının ortaya konduğu bir çalışma olmuştur.Öğe Adıyaman ili badem ağaçlarını enfekte eden önemli Prunus virüslerinin DAS-ELISA ve RT-PCR analizleri ile saptanması ve karakterizasyonu(2021) Akgül, Sadık; Gazel, Mona; Tunç, Bahar; Çağlayan, KadriyeAmaç: Bu çalışmada, Adıyaman ili genelinde yetişen badem ağaçlarında apple mosaic virus (ApMV), prunus necrotic ring spot virus (PNRSV), prune dwarf virus (PDV), plum pox virus (PPV) ve apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV)’lerinin Double Antibody Sandwich-Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay (DAS-ELISA) ve Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) yöntemleriyle belirlenmesi, elde edilen virüs izolatlarının filogenetik ilişkilerinin ortaya konulması amaçlanmıştır.Yöntemler ve Bulgular: Adıyaman ilinde yetişen badem ağaçlarından simptomlu ve simptomsuz bitki örnekleri toplanmıştır. Toplanan tüm örnekler DAS-ELISA ve RT-PCR yöntemleri ile testlenmiştir. DAS-ELISA ve RT-PCR analizi sonucunda 34 örneğin yalnız PDV ile enfekteli olduğu saptanmış, ancak testlenen örneklerde diğer virüsler bulunmamıştır. RT-PCR ile elde edilen PDV izolatları doğrudan sekanslanmıştır. Nükleotid sekansları birbiriyle ve GenBank'ta depolanan diğer PDV izolatları ile karşılaştırılarak filogenetik olarak analiz edilmiştir. Adıyaman PDV badem izolatlarının filogenetik ağaçta yüksek homolojiyle aynı grupta yer aldığı, GenBank’a kayıtlı diğer PDV izolatlarından ise farklı bir grupta kümelendiği belirlenmiştir. Bu çalışma Adıyaman ili badem ağaçlarında PDV’nin saptanması konusundaki ilk çalışmadır. PDV badem izolatlarından 15 tanesi MW357407-MW357421 erişim numaraları ile GenBankası’na kaydedilmiştir.Genel Yorum: Adıyaman'da yetişen badem ağaçlarında prune dwarf virus (PDV)’unun varlığı, hem DAS-ELISA hem de RT-PCR testleri sonucunda ilk kez bu çalışma ile kanıtlanmıştır. Adıyaman'da yetişen badem ağaçlarının %30,90 oranında PDV ile bulaşık olması, bölgede badem plantasyonlarının kurulması sırasında önlem alınması gerektiğini göstermektedir. Test edilen badem örneklerinde ACLSV, ApMV, PNRSV ve PPV tespit edilmediğinden, ileride yapılacak çalışmalar ile daha geniş alanları tarayarak örnek sayısının artırılması ve virüslere özgü farklı primer çiftleri kullanılarak yeni testlerin yapılması gerekmektedir. Çalışmanın Önemi ve Etkisi: Adıyaman ilinde yetişen badem ağaçlarında önemli Prunus virüslerinin tespiti ve karakterizasyonu ilk kez yapılmıştır.Öğe Asma ve narlardan izole edilen grapevine leafroll-associated virus-1 izolatlarının kısmi sekanslarının karşılaştırmalı genomik analizleri(2017) Elçi, Eminur; Gazel, Mona; Çağlayan, KadriyeAsma yaprak kıvırcıklık (grapevine leafroll) hastalığı geçmişten bu yana bağ virüs hastalıkları içerisinde ekonomik önem derecesi yüksek olan dünya çapında yayılım gösteren bir hastalıktır. Closterovirus cinsine ait virüs üyeleri içerisinde, Asma yaprak kıvırcıklık virüsü 1 (Grapevine leafroll-associated virus 1) (GLRaV-1) en eski olanıdır. Bağlarda önemli verim kayıplarına neden olan bu virüs, özellikle yapraklarda kıvrılma simptomu ile tanımlanır. Nar bitkisi, ekonomik değeri yüksek bitkiler arasında yer almakta olup henüz az sayıda virüs hastalıkları tanımlanmış ancak son yıllarda yürütülen çalışmalarda bu bitkinin de GLRaV-1'in konukçusu olabileceği bildirilmiştir. Bu çalışmanın amacı, bağ ve narlardan elde edilen GLRaV-1 izolatlarının genomik olarak kıyaslanmasıdır. Bu amaçla, 2014 yılında Hatay ve Niğde illerinden toplanan asma ve nar örneklerinden total RNA ve dsRNA izolasyonları yapılmış, virüs genomuna özgü 2 farklı bölgenin (hareket (movement) proteini (p24) ve ısı şok (heatshock) proteinini (HSP70h) çoğaltan primerler kullanılarak RT-PCR ile analizleri yapılmış elde edilen ürünler klonlanmış ve sekans analizleri yapılmıştır. Ayrıca Closterovirüs'ün HSP70h genine özgü dejenere primer kullanılarak DOP-PCR analizleri yapılmıştır. DNA dizi analizlerinin sonunda elde edilen kısmi genomun, BLAST analizleri yapıldıktan sonra filogenetik analizleri yapılmıştır. Bu çalışma sonunda, yeni bir konukçu olduğu düşünülen nardan izole edilen GLRaV-1 izolatlarının asma izolatları ile kıyaslamalı olarak analiz edilmesi sağlanmış ve izolatlar arası yüksek oranda benzerlik olduğu tespit edilmiştir.Öğe Bağlarda yeni saptanan virüslerin Hatay ve Tekirdağ ili bağ alanlarında PCR yöntemiyle belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonu(Turkish Science and Technology Publishing (TURSTEP), 2019) Kocabağ, Hamide Deniz; Çağlayan, Kadriye; Gazel, MonaSon yıllarda yeni nesil sekans analiz tekniklerinin yaygın olarak kullanılması bağlarda ve diğer bitki türlerinde etiyolojisi bilinmeyen birçok virüs hastalığının etmeninin belirlenmesini sağlamıştır.. Bağlarda bu teknoloji ile saptanan yeni virüslerden en önemlileri Grapevine Pinot Gris Virus (GPGV), Grapevine Syrah Virus-1 (GSyV-1), Grapevine Red-blotch associated Virus (GRBaV) ve Grapevine Roditis Leaf Discoloration Virus (GRLDaV)’dür. Bu çalışmanın amacı Tekirdağ ve Hatay ili bağ alanlarında GPGV, GSyV-1, GRBaV ve GRLDaV varlığının PCR ve DNA dizileme yöntemleriyle saptanması ve karakterizasyonlarının yapılmasıdır. Bu çalışma kapsamında virüs benzeri simptom gösteren omcaların yanı sıra simptomsuz omcalardan da örnekler alınmış ve toplam olarak Tekirdağ ilinden 191, Hatay ilinden ise 111 örnek toplanmıştır. Tekirdağ ilinden toplanan bağ örneklerinde %43,62 oranında GPGV, %1,04 oranında GSyV1 saptanmıştır. Hatay ilinden toplanan örneklerde ise sadece %0,9 oranında GSyV1 saptanmış ve testlenen örnekler GPGV, GRBaV, GRLDaV açısından temiz bulunmuştur. Tekirdağ örneklerinin GPGV için yapılan RT-PCR analizlerinde kısmi kılıf protein, hareketlilik, ve replikaz genlerini çoğaltan primerler kullanıldığında sırasıyla 411 bp, 302 bp ve 618 bp büyüklüğünde PCR ürünleri elde edilmiştir Bu ürünlerin doğrudan iki yönlü sekans analizi sonucunda ve her üç gen bölgesinin de nükleotid dizilimlerinin gen bankasında kayıtlı farklı GPGV izolatları ile yüksek oranda homoloji gösterdiği saptanmıştır.Öğe Detection and characterization of plum pox potyvirus (PPV) by DAS-ELISA and RT-PCR/RFLP analysis in Turkey(2003) Sertkaya, Gülşen; Ulubaş, Çiğdem; Çağlayan, KadriyeÜlkemizin farklı bölgelerinde Plum pox virüs (PPV) (family Potyviridae, genus Potyvirus)'ünün belirlenmesi ve gelişmiş yöntemler ile PPV izolatlarının araştırılması amacı ile, Malatya yöresi dışında kalan ülkemizin önemli yetiştirici bölgelerinde tesadüfi olarak seçilen bahçelerden PPV'ye özgü belirtiler gösteren badem, erik, kayısı, kiraz, nektarin, şeftali, ve vişne ağaçlarından yaprak örnekleri toplanmıştır. Serolojik (DAS-ELISA) çalışmalarda polyclonal antibodiler ve monoclonal antibodiler (MAbs); MabSB (Universal), Mab4DG5 (PPV-D: Dideron), MabAL (PPV-M: Marcus), MabEA24 (PPV-EI Amar) ve MabAC (PPV-C: Cherry) kullanılmıştır. Türkiye'ye ait PPV izolatiarını karakterize etmek için RT-PCR (Reverse transcription-polymerase chain reaction) / RFLP (Restriction fragment length polymorphism) analizi yapılmıştır. RT-PCR/RFLP analizi ile DAS-ELISA ve DASI-ELISA bulgularını destekleyen sonuçlar elde edilmiştir. Toplam 52 örnekten iki adetinin PPV ile enfekteli olduğu ve bu iki kayısı izolatının M straini olduğu belirlenmiştir. Bu çalışma ile Türkiye'de kaysıda PPV-M ırkının varlığına dair önceki araştırma bulguları desteklenmiştir.Öğe Detection and the Prevalence of Prune Dwarf Virus (PDV) in Important Cherry Plantations of the Eastern Mediterranean Region by DAS-ELISA and RT-PCR Analyzes(2022) Gündoğan, Pelin; Gazel, Mona; Çağlayan, KadriyeIn this study, the prevalence of PDV, which infects cherry (Prunus avium L.) trees and is among the important viral pathogens in\rAdana, Kahramanmaraş and Osmaniye provinces where cherry is extensively produced in the Eastern Mediterranean region of\rTurkey, was investigated. A total of 173 cherry leaf samples with and without symptoms collected from Adana, Kahramanmaraş\rand Osmaniye provinces were tested by DAS-ELISA and RT-PCR methods. PDV was not detected in all samples tested by the DAS-\rELISA method. As a result of the tests performed with RT-PCR, 874 bp long nucleotide sequences belonging to the coat protein\rgene region of the 15 samples were obtained and found positive. After the sequences were obtained, they were compared with\rthe sequences from Turkey and the sequences of PDV reference isolates registered in GenBank. As a result of BLASTn analysis, it\rwas determined that the Turkish PDV cherry isolates showed similarity between 89.58-99.32% at the nucleotide level with the\rPDV reference sequence. Phylogenetic analysis of the nucleotide sequences of the obtained isolates was performed and their\rrelationship with PDV cherry isolates in the world and Turkey was determinedÖğe Detection of four apple viruses by ELISA and RT-PCR assays in Turkey(2006) Çağlayan, Kadriye; Ulubaş Serçe, Çiğdem; Gazel, Mona; Jelkmann, WilhelmTürkiye'de elma yetiştiriciliğinin yoğun olarak yapıldığı bölgelerde elmalarda önemli dört virüs hastalığının yaygınlık durumlarını değerlendirmek amacıyla 2004 yılının ilkbahar döneminde bitki örnekleri toplanmıştır. Toplanan bu örnekler Elma mozaik virüsü (Apple mosaic virus = ApMV), Elma gövde yivlenme virüsü (Apple stem grooving virus = ASGV) ve Elma klorotik yaprak leke virüslerine (Apple Chlorotic Leaf Spot Virus = ACLSV) karşı hem ELISA hem de RT-PCR yöntemleriyle testlenmiştir. Elma gövde çukurlaşma virüsüne (Apple stem pitting virus = ASPV) karşı ise henüz ticari olarak üretilmiş antiserum bulunmadığı için sadece RT-PCR yöntemi kullanılmış ve sonuçlar kıyaslanmıştır. Toplam 174 örnek bakanlık ve üniversitelere ait olan çeşit koleksiyon bahçelerinden ve ticari bahçelerden toplanmıştır. Bu bitkilerden 126 tanesi en az bir virüs ile enfekteli olarak saptanmıştır. Hastalığın yaygınlık oranı ticari bahçelerde % 70.21 olarak saptanırken çoğunluğu çeşit bahçelerinden alınan gözlerle üretilen fidanlarla kurulmuş olan ticari bahçelerde ise enfeksiyon oranı daha yüksek olup % 75.00 olarak bulunmuştur. ACLSV, ASGV ve ASPV'nin tanılanmasında ELISA ve RT-PCR tekniklerinin kıyaslanması sonucu elde edilen bulgular, RT-PCR yöntemi ile % 8.6 oranında daha fazla sayıda bitkinin pozitif olarak saptandığını göstermiştir. Gerek çeşit gerekse ticari bahçelerde karışık enfeksiyon oldukça yaygın bulunmuştur. Karışık enfeksiyonlar içinde en yaygın olanlar sırasıyla ASPV + ACLSV (% 84.21), ASPV + ASGV (% 36.84), ACLSV + ASGV (% 26.32) ve ASPV + ApMV (% 5.26)'dir. ASPV + ASGV + ACLSV üçlü enfeksiyon oranı ise % 26.32 olarak saptanmıştır. Virüslerin herhangi biri ile enfekteli bitki örneklerinin sayısı RT-PCR ile test edildiğinde ELISA yöntemine göre daha fazla olmuştur. Bu çalışma elma virüs hastalıklarının Türkiye'nin farklı bölgelerinde özellikle de simptom göstermeyen ağaçlarda çok yaygın olduğunu ve RT-PCR yönteminin yumuşak çekirdekli meyve ağaçlarının sertifikasyon çalışmalarında başarıyla kullanılabileceğini ortaya koymuştur.Öğe Detection of ‘Candidatus Phytoplasma pyri’in different pear tissues and sampling time by PCR-RFLP analyses(Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi, 2020) Gazel, Mona; Ulubaş Serçe, Çiğdem; Öztürk, Harun; Çağlayan, KadriyeAims: In this study, the best sampling time and tissues for phytoplasma detection in twenty pear trees (cv. Deveci) infected by ‘Candidatus Phytoplasma pyri’, causal agent of pear decline disease, in Bursa province of Turkey were investigated. Methods and Results: Sampling was done throughout the year in leaf midribs, shoot and root tissues, where as the flower tissues were tested once a year in March and fruit tissues in September. All samples were analyzed by nested-PCR using P1/P7 and fU5/rU3 universal primer pairs. Nested PCR products were digested with RsaI and SspI restriction enzymes. The results revealed that the detection rate of ‘Ca. P. pyri’ in different plant tissues was greatly depending on the sample collection period. The fruit tissues, which were only sampled in September due to the ripening time of Deveci pear cultivar in Bursa, showed the highest detection rate of ‘Ca. P. pyri’ (100%) followed by flower tissues (75%). The average detection rate in root, shoot tissues and leaf midribs was found as 43.75, 39.58 and 16.25%, respectively. The present results showed that the best plant tissues for detecting ‘Ca. P. pyri’ in pear trees were fruit columella and flowers. The highest detection rate of this phytoplasma in root tissues was found from November to March, whereas it could be detected whole year around except summer months in shoot samples in Turkey. Conclusions: For 'Candidatus Phytoplasma pyri', detection, if there is no seasonal limitation for testing, the most suitable tissues are fruits and flowers. When it comes to testing throughout the year, the most suitable tissues were determined as the root, the phloem and cambium layer of the shoots and the leaves, respectively. Significance and Impact of the Study: This study on seasonal variations of ‘Candidatus Phytoplasma pyri’ in different pear tissues has been first time investigated in Turkey. This preliminary data provides important knowledge on molecular detection of Ca. P. pyri, causal agent of pear decline disease for further studies and sertification-quarantine programmes of pear trees in Turkey.Öğe Diversity, distribution, and status of phytoplasmas diseases in Turkey(Elsevier, 2023) Çağlayan, KadriyePhytoplasmas are economically significant pathogens of different plant species in Turkey and cause economic losses especially in fruit trees and vegetables. First study on the presence of phytoplasma diseases in Turkey was in tomato fields in 1953, and the causal agent was known as “Lycopersicon virus 5.” The disease in tomatoes was called big bud disease, and then similar symptoms were reported in potatoes causing 40%–80% yield losses in 1965. In the following years, the presence of phytoplasma diseases and related insect vectors has been reported in different plant species from all over the country. “Stolbur” (16SrXII-A) and clover proliferation (16SrVI) phytoplasmas are the prevalent and widespread phytoplasmas in vegetables, whereas apple proliferation (16SrX) is dominating in fruit trees. Recently, new hosts for known phytoplasmas such as 16SrXII-A in pomegranates, marigold, and 16SrX-A in pomegranate and narcissus have been first time identified worldwide. Successful, sustainable, and environmentally friendly phytoplasma control were targeted by Turkish authorities; therefore, a smart combination of different approaches, using clean propagation materials, efficient insect vector, and weed control, has been applied. © 2023 Elsevier Inc. All rights reserved.Öğe Doğu Akdeniz Bölgesinde yaygın olarak yetişen bazı salep orkidelerinin embriyo kültürü kullanılarak In vitro koşullarda çoğaltılmaları(1998) Çağlayan, Kadriye; Özavcı, Ayşe; Eskalen, AkifBu çalışmada doğada nesli tükenme tehlikesi ile karşı karşıya olan salep orkidelerinin in vitro'da çoğaltılma olanakların araştırılması amaçlanmıştır. Doğu Akdeniz Bölgesinde yaygın olarak yetişen salep orkidelerinden Ocrhis anatolica Boiss, Orchis coriophora L., Ophrys bornmuelleri Schulz, Ophyrs phrigra Fleischm. et Borm, Serapias vomeraceae ve Himantoglossum afine embriyo kültürü kullanılarak in vitro'da kültüre alınmışlardır. Salep embriyolarının kültüre alınmasında 14 farklı ortam kullanılmıştır. En yüksek ortalama çimlenme ve protokormdan bitki oluşum oranları sırasıyla %2.39 ve 961.86 olarak Van Waes Debergh + Domates Ekstraktı + Aktif Karbon (VW&D + DE + AK) ortamında bulunmuştur. İn vitro'da en yüksek yumru oluşum oranı ise %2.453 ile aynı ortamda saptanmıştır.Öğe Elma (Malus domestica) ağaçlarından elde edilen endofitik fungusların elma çoklu sürgün fitoplazma hastalığı (Candidatus Pyhtoplasma mali) üzerine etkinliklerinin belirlenmesi(2022) Yavuz, Şefika; Gazel, Mona; Tok, Fatih Mehmet; Çağlayan, KadriyeAmaç: Bu çalışmada Elma Çoklu Sürgün Fitoplazma Hastalığı (EÇSF) (Candidatus Pyhtoplasma mali)’nın biyolojik mücadelesinde endofitik fungusların etkinliğinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Böylece pratikte kimyasal mücadele olanağı olmayan hastalık etmenine karşı farklı kontrol stratejileri geliştirilebilme olanağının sağlanması hedeflenmiştir. Yöntem ve Bulgular: EÇSF ve endofit fungus izolasyonları için toplam 50 farklı bahçe gezilerek fitoplazma testleri için 360 ağaçtan, endofit funguslar için ise hem sağlıklı hem de fitoplazma ile enfekteli 198 ağaçtan bitki örneği toplanmıştır. Fitoplazma açısından testlenen 360 örnekten 29 tanesi ‘Ca. P. mali’ ile enfekteli bulunmuştur. ‘Ca. P. mali’ ile enfekteli ve sağlıklı elma ağaçlarından endofit fungus türleri izole edilmiş, bu fungusların morfolojik ve moleküler tanısı ile birlikte patojenisite çalışmaları yapılmıştır. Sağlıklı elma ağaçlarından en yaygın olarak izole edilen endofit funguslardan Epicoccum nigrum, Aureobasidium pullulans, Ulocladium consortiale’nin EÇSF hastalığına karşı etkinlikleri incelenmiştir. Her bir fungus izolatının EÇSF hastalık yoğunluğunu farklı düzeylerde etkilediği, en yüksek etkinin A. pullulans’a ait olduğu ve EÇSF hastalık yoğunluğunu uygulama sonrası %34,18 etki değeri ile azalttığı belirlenmiştir. Genel Yorum: EÇSF hastalığının etkili bir kimyasal mücadelesinin bulunmaması ve etmenin karantina listesinde yer alması nedeniyle olası biyolojik mücadele uygulamaları oldukça önemlidir. EÇSF ile enfekteli ağaçlara inokule edilen 3 farklı endofit fungus türünden Aureobasidium pullulans’ın fitoplazma yoğunluğunu diğer 2 etmene göre daha fazla azaltmasından dolayı A. pullulans hastalıkla mücadelede kullanılabilecek biyolojik mücadele ajanı olabilir. Çalışmanın Önemi ve Etkisi: Bu çalışma ile biyolojik mücadele ajanı olan endofit fungusların elmalarda EÇSF hastalığı üzerine etkileri Türkiye’de ilk kez araştırılmış ve hastalığın kontrol stratejilerinin oluşturulmasında önemli ön bulgular elde edilmiştir.Öğe Fig(Elsevier, 2023) Elçi, Eminur; Sajid, Qurat-ul Ain; Çağlayan, KadriyeCommon fig (Ficus carica L.) has several identified viruses, and fig mosaic disease (FMD) is a well-known disease infecting fig plants around the world. The causal agent of FMD has been identified as fig mosaic emaravirus (FMV), which has an extensive dispersal rate. The vector of FMD has been indefinable, as no evidence was found until 1955, though the eriophyid mite Aceria ficus (Cotte) was known as an efficient vector for FMV. It has been detected in many countries, like Turkey, England, the United States, Algeria, Spain, Tunisia, Syria, China, New Zealand, Israel, Italy, Greece, Jordan, Lebanon, and Australia. Its major symptoms comprised of mosaic, spotting, and mottling, foliar discoloration, size reduction and mosaics of fruits, and irregular leaf distortion. FMV is the one with the highest association with FMD, and beside this virus; numerous viruses have been reported belonging Caulimoviridae, Closteroviridae, Flexiviridae, Partitiviridae, and Tymoviridae families, including fig leaf mottle-associated viruses-1 and 2, Arkansas fig closteroviruses-1 and 2, fig latent virus-1, fig mild mottle-associated virus (FMMaV), fig cryptic virus, fig fleck-associated virus, fig badnavirus-1. Scouting and removal of infected trees can be the best management for this disease to avoid profit loss. © 2024 Elsevier Inc. All rights reserved.Öğe Hatay ilinde yetişen Cucurbitaceae familyasına ait kültür bitkilerinde bazı virüslerin DAS-ELISA ve RT-PCR yöntemleriyle saptanması ve moleküler karakterizasyonu(2022) Güneş, Hülya Üstünkaya; Gazel, Mona; Çağlayan, KadriyeAmaç: Bu çalışmada, Hatay ilinde yetiştirilen hıyar, kabak ve kavun bitkilerinde cucurbit yellow stunting disorder virus (CYSDV), cucurbit chlorotic yellows virus (CCYV) ve beet pseudo-yellows virus (BPYV)’lerinin Double Antibody Sandwich-Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay (DAS-ELISA) ve Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) yöntemleriyle belirlenmesi, elde edilen virüs izolatlarının filogenetik ilişkilerinin ortaya konulması amaçlanmıştır. Yöntem ve Bulgular: Hatay ilinden simptomlu ve simptomsuz 90 adet hıyar, kabak ve kavun örneği toplanmıştır. CCYV’nin varlığını araştırmak için DAS-ELISA ve RT-PCR yöntemleri, CYSDV ve BPYV’lerinin varlığını araştırmak için ise RT-PCR yöntemi kullanılmıştır. Gözlenen en yaygın simptomlar yapraklarda küçülme, deformasyon, yaprak kırışıklıkları, kıvrılmalar ve damar açılmalarıdır. DAS-ELISA testi sonuçlarına göre testlenen örneklerde CCYC bulunamamıştır. RT-PCR analizleri sonucunda testlenen örneklerde BPYV ve CCYV bulunamamış ancak CYSDV’nin heat shock protein 70h (HSP70h) genini çoğaltan 364 bp büyüklüğünde PCR amplikonları 11 örnekte (9 kabak, 2 kavun) elde edilmiştir. Bu ürünlerden 10 tanesinin doğrudan iki yönlü sekans analizi sonucunda, elde edilen nükleotit dizilerinin gen bankasında kayıtlı CYSDV izolatları ile yüksek oranda (%99) benzerlik gösterdiği saptanmıştır. Bu çalışma ile CYSDV ilk defa Hatay ilinde kabak ve kavun bitkilerinde rapor edilmiştir. Genel Yorum: Hatay ili kabak ve kavun alanlarından toplanan örneklerde CYSDV ilk kez tespit edilmiştir. Testlenen örneklerinin hiçbirinde BPYV ve CCYV belirlenememiştir. Testlenen örneklerin %12.22 oranında CYSDV ile enfekteli bulunması, sağlıklı bitki materyallerinin kullanılmasının önemini göstermektedir. Çalışmanın Önemi ve Etkisi: Hatay ilinde ilk kez bu çalışma ile kabak ve kavun bitkilerinde CYSDV’ünün varlığı, RT-PCR analizleri ile kanıtlanmıştır.Öğe Mersin İli Damızlık Kayısı Parselinde ve Bazı Üretici Bahçelerinde Avrupa Sert Çekirdekli Sarılık Fitoplazması (Candidatus Phytoplasma prunorum) Hastalığının Moleküler Yöntemlerle Testlenmesi(2022) Altan, Bülent; Çağlayan, KadriyeMersin’de 2007–2009 yılları arasında yürütülen bu çalışmada Alata Bahçe Kültürleri Araştırma Enstitüsü (ABKAE) Müdürlüğü’nün damızlık kayısı parselinde bulunan çeşitler ile Mut yöresinde yetiştirilen bazı kayısı çeşitlerinin Avrupa Sert Çekirdekli Sarılık Fitoplazması (ASSF) “Candidatus Phytoplasma prunorum” ile bulaşma oranlarının moleküler yöntemlerle belirlenmesi amaçlanmıştır. Polimeraz Zincir Reaksiyonu- Restriksiyon Fragmenti Uzunluk Polimorfizmi (PCR-RFUP) yöntemi ile 112 örnekte yapılan testlemelerde gerek simptomlu gerekse simptomsuz bitkilerde ASSF ile bulaşıklık oranı % 8.035 olarak belirlenmiştir. Arazi çalışmalarında ASSF’nin tipik belirtileri olan yapraklardaki kıvrılmalar sadece Alata Bahçe Kültürleri Araştırma Enstitüsü’nde bulunan 1 örnekte gözlenmiştir. Ayrıca bu çalışma kapsamında Mersin’deki simptom göstermeyen kayısı ağaçlarında da ASSF’nin yaygın olduğu ve bu latent enfeksiyonların moleküler yöntemlerle saptanabileceği ortaya konmuştur. Böylece sertifikasyon çalışmalarında bu önemli patojene karşı simptom göstermeyen bitkilerin de testlenmesinin ne kadar önemli olduğu bir kez daha vurgulanmıştır.Öğe Olives(Elsevier, 2023) Çağlayan, Kadriye; Faggioli, FrancescoOlive plants can be affected by a large number of pathogens such as viruses, phytoplasmas, bacteria, fungi, and chromista, which may cause serious diseases and affect the yield and quality of olive production. Among these, viral diseases represent a serious threat to olive cultivation. Viral diseases of olive trees can in fact cause visible and striking symptoms on the foliage and fruits, or be present in a latent way with regard to phenological aspects but instead affect some aspects of production, such as plant vigor or oil quality. Some viruses, on the other hand, are completely latently hosted by the olive trees but pose a very important danger to other crops. In this chapter, we will deal with the main viral diseases of the olive trees, focusing on their biological and molecular characteristics, diagnosis, and their control. © 2024 Elsevier Inc. All rights reserved.Öğe Pomegranate(Elsevier, 2023) Çağlayan, Kadriye; Roumi, Vahid; Gazel, MonaPomegranate (Punica granatum L.), a deciduous shrub, belongs to the family Punicaceae, originated from Iran, and has been cultivated since ancient times throughout the Mediterranean parts of Asia, Africa, and Europe as a medicinal and ornamental plant as well as a fruit tree. The main pomegranate production occurs in Asian countries such as Iran, India, China, and Turkey. These studies revealed the presence of grapevine leafroll virus 1 and Passiflora edulis symptomless virus in cultivated pomegranates in Turkey and rose leaf curl virus in ornamental pomegranates in Pakistan. Although these viruses have been detected in mostly symptomatic pomegranates, the correlation between symptoms and viruses, their epidemiology, and economic impact are still unknown. © 2024 Elsevier Inc. All rights reserved.Öğe Putative agents of fig mosaic disease in Turkey(2009) Çağlayan, Kadriye; Medina, Vicanta; Gazel, Mona; Ulubaş Serçe, Çiğdem; Serrano, Luis; Achon, Angeles; Soylu, Soner; Çalışkan, Oğuzhan; Gümüş, MustafaLeaves from 58 fig tree accessions showing different severity of mosaic and necrotic symptoms were collected in 2 different regions of Turkey and analysed by transmission electron microscope (TEM) and RT-PCR to determine putative causal agents of fig mosaic disease (FMD). Ultrastructural studies showed that double membrane-bound bodies (DMBs) were mainly observed in the parenchyma and mesophyll cells of infected leaves of the cultivars Göklop and Morgüz and some seedlings showing only mosaic symptoms. These bodies were surrounded by a fibrillar matrix in most of the infected cells. Long, flexuous rod-shaped virus-like particles (LFPs) were also observed in vascular tissues of the Bursa Siyahı, Sarılop, Sarızeybek, and Yediveren cultivars, as well as seedlings that exhibited mosaic and necrotic symptoms together. Isometric virus-like particles (IVLPs) were mainly observed in mesophyll parenchyma cells of cv. Yeşilgüz, which showed very mild mosaic symptoms. Some phytoplasma-like bodies, as well as mosaic symptoms, were also observed in the phloem tissues of cv. Morgüz, Göklop, and Yediveren. These kinds of particles were not observed in the healthy plant leaves. RT-PCR analyses revealed that a PCR product of 3.0 kbp was obtained from virus-purified RNA of cvs. Bursa Siyahı, and Sarılop and an unknown cultivar (seedling) using degenerate fig-associated primers. When primers specific for FMD agent in Spain were used, a DNA fragment of 750 bp was amplified from cvs. Göklop and Yeşilgüz. However, no product was obtained by using DC-random primers.Öğe Update on phytoplasma diseases associated with vegetable crops in Asian countries(Elsevier, 2023) Kumari, Shweta; Sertkaya, Gülşen; Krishnan, Nagendran; Pandey, Koshlendra Kumar; Singh, Jagdish; Çağlayan, Kadriye; Rao, Govind PratapPhytoplasmas are phloem-limited bacteria associated with diseases in different vegetable crops from tropical to temperate regions of the world. The phytoplasma groups associated with vegetable crops have a major economic relevance all over Asia and leading to considerable economic losses. Phytoplasmas affect numerous vegetable crops belonging mostly to Solanaceae, Cucurbitaceae, Fabaceae, Cruciferae, Brassicaceae, Asteraceae, and Apiaceae families. Of the ribosomal groups documented globally, at least 11 groups have been detected in vegetables crops in Asia, and this highlights the need to adopt measures to prevent their introduction to new areas in various Asian countries. The majority of the phytoplasma reports on vegetables are from South and West Asia, however phytoplasmas in subgroup 16SrII are widely distributed throughout Asia suggesting the potential spread of these pathogens. The 16SrI (aster yellows) group is the most frequently detected in the East Asian countries mainly infecting solanaceous crops such as potato, tomato, brinjal, and chili. Conversely, the 16SrII (peanut witches' broom) group is the most widespread in the West Asian countries where it was associated with 17 different vegetable crop species followed by the phytoplasmas classified in the 16SrVI group. Several leafhoppers and weed species are reported in different Asian countries as reservoirs of phytoplasmas in different vegetable crops. The management of these phytoplasma-associated diseases relies on integrated approaches involving the use of resistant genotypes and cultural practices such as rogueing, use of clean propagating materials, and control of insect vectors. This chapter provides an overview of phytoplasma diseases infecting vegetable crops in Asia, with emphasis on symptoms, classification, geographic distribution, genetic diversity, mixed infection with other pathogens and management. © 2023 Elsevier Inc. All rights reserved.
