DSpace Arşivi :: by Yazar "Gazel, Mona" değerine göre listeleniyor

Yazar "Gazel, Mona" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 20 / 41

Adana ve İçel illerinde elma bahçelerinde elma çoklu sürgün fitoplazma hastalığı (Candidatus Phytoplasma mali)’ nın varlığının belirlenmesi
(Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi, 2019) Yavuz, Şefika; Gazel, Mona; Çağlayan, Kadriye
Amaç: Bu çalışmada Adana ve İçel illerinde Elma çoklu sürgün fitoplazması (Candidatus Pyhtoplasma mali) nın varlığı araştırılmıştır. Yöntem ve Bulgular: Adana ve İçel illerinde elma yetiştirilen alanlarda 2013-2016 yılları arasında yapılan arazi çalışmaları sırasında fitoplazma hastalıkları açısından 39 bahçe ve 234 ağaç incelenmiştir. Örneklerin DNA izolasyonları, PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) ve RFLP (Restriksiyon Fragment Uzunluklu Polimorfizm) analizleri yapılmıştır. Sonuçlara göre PCR/RFLP analizleriyle testlenen 234 örnekten 14 tanesi “Candidatus Pyhtoplasma mali” pozitif kontrolü ile aynı büyüklükte amplifikasyon oluşturmuştur. Genel Yorum: Elma (Malus domestica Borkh.), ülkemizde uzun yıllardır yetiştirilen, yumuşak çekirdekliler arasında yer alan, önemli üretim alanına sahip ılıman iklim meyvelerindendir. EÇSF ülkemiz karantina listesinde yer alan ve dünyada elma üretimini ekonomik ölçüde sınırlandıran bir hastalıktır. Bu nedenle hastalığın elma yetiştiriciliği yapılan alanlardaki durumu önem arz etmektedir. Çalışmanın Önemi ve Etkisi: Bu çalışma Adana ve İçel illerinde EÇSF’nin varlığının tespitine yönelik yapılan bir araştırma olup özellikle İçel ilinde enfeksiyon varlığının ortaya konduğu bir çalışma olmuştur.
Adıyaman ili badem ağaçlarını enfekte eden önemli Prunus virüslerinin DAS-ELISA ve RT-PCR analizleri ile saptanması ve karakterizasyonu
(2021) Akgül, Sadık; Gazel, Mona; Tunç, Bahar; Çağlayan, Kadriye
Amaç: Bu çalışmada, Adıyaman ili genelinde yetişen badem ağaçlarında apple mosaic virus (ApMV), prunus necrotic ring spot virus (PNRSV), prune dwarf virus (PDV), plum pox virus (PPV) ve apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV)’lerinin Double Antibody Sandwich-Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay (DAS-ELISA) ve Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) yöntemleriyle belirlenmesi, elde edilen virüs izolatlarının filogenetik ilişkilerinin ortaya konulması amaçlanmıştır.Yöntemler ve Bulgular: Adıyaman ilinde yetişen badem ağaçlarından simptomlu ve simptomsuz bitki örnekleri toplanmıştır. Toplanan tüm örnekler DAS-ELISA ve RT-PCR yöntemleri ile testlenmiştir. DAS-ELISA ve RT-PCR analizi sonucunda 34 örneğin yalnız PDV ile enfekteli olduğu saptanmış, ancak testlenen örneklerde diğer virüsler bulunmamıştır. RT-PCR ile elde edilen PDV izolatları doğrudan sekanslanmıştır. Nükleotid sekansları birbiriyle ve GenBank'ta depolanan diğer PDV izolatları ile karşılaştırılarak filogenetik olarak analiz edilmiştir. Adıyaman PDV badem izolatlarının filogenetik ağaçta yüksek homolojiyle aynı grupta yer aldığı, GenBank’a kayıtlı diğer PDV izolatlarından ise farklı bir grupta kümelendiği belirlenmiştir. Bu çalışma Adıyaman ili badem ağaçlarında PDV’nin saptanması konusundaki ilk çalışmadır. PDV badem izolatlarından 15 tanesi MW357407-MW357421 erişim numaraları ile GenBankası’na kaydedilmiştir.Genel Yorum: Adıyaman'da yetişen badem ağaçlarında prune dwarf virus (PDV)’unun varlığı, hem DAS-ELISA hem de RT-PCR testleri sonucunda ilk kez bu çalışma ile kanıtlanmıştır. Adıyaman'da yetişen badem ağaçlarının %30,90 oranında PDV ile bulaşık olması, bölgede badem plantasyonlarının kurulması sırasında önlem alınması gerektiğini göstermektedir. Test edilen badem örneklerinde ACLSV, ApMV, PNRSV ve PPV tespit edilmediğinden, ileride yapılacak çalışmalar ile daha geniş alanları tarayarak örnek sayısının artırılması ve virüslere özgü farklı primer çiftleri kullanılarak yeni testlerin yapılması gerekmektedir. Çalışmanın Önemi ve Etkisi: Adıyaman ilinde yetişen badem ağaçlarında önemli Prunus virüslerinin tespiti ve karakterizasyonu ilk kez yapılmıştır.
Asma ve narlardan izole edilen grapevine leafroll-associated virus-1 izolatlarının kısmi sekanslarının karşılaştırmalı genomik analizleri
(2017) Elçi, Eminur; Gazel, Mona; Çağlayan, Kadriye
Asma yaprak kıvırcıklık (grapevine leafroll) hastalığı geçmişten bu yana bağ virüs hastalıkları içerisinde ekonomik önem derecesi yüksek olan dünya çapında yayılım gösteren bir hastalıktır. Closterovirus cinsine ait virüs üyeleri içerisinde, Asma yaprak kıvırcıklık virüsü 1 (Grapevine leafroll-associated virus 1) (GLRaV-1) en eski olanıdır. Bağlarda önemli verim kayıplarına neden olan bu virüs, özellikle yapraklarda kıvrılma simptomu ile tanımlanır. Nar bitkisi, ekonomik değeri yüksek bitkiler arasında yer almakta olup henüz az sayıda virüs hastalıkları tanımlanmış ancak son yıllarda yürütülen çalışmalarda bu bitkinin de GLRaV-1'in konukçusu olabileceği bildirilmiştir. Bu çalışmanın amacı, bağ ve narlardan elde edilen GLRaV-1 izolatlarının genomik olarak kıyaslanmasıdır. Bu amaçla, 2014 yılında Hatay ve Niğde illerinden toplanan asma ve nar örneklerinden total RNA ve dsRNA izolasyonları yapılmış, virüs genomuna özgü 2 farklı bölgenin (hareket (movement) proteini (p24) ve ısı şok (heatshock) proteinini (HSP70h) çoğaltan primerler kullanılarak RT-PCR ile analizleri yapılmış elde edilen ürünler klonlanmış ve sekans analizleri yapılmıştır. Ayrıca Closterovirüs'ün HSP70h genine özgü dejenere primer kullanılarak DOP-PCR analizleri yapılmıştır. DNA dizi analizlerinin sonunda elde edilen kısmi genomun, BLAST analizleri yapıldıktan sonra filogenetik analizleri yapılmıştır. Bu çalışma sonunda, yeni bir konukçu olduğu düşünülen nardan izole edilen GLRaV-1 izolatlarının asma izolatları ile kıyaslamalı olarak analiz edilmesi sağlanmış ve izolatlar arası yüksek oranda benzerlik olduğu tespit edilmiştir.
Assessment of susceptibility of different rootstock/variety combinations of pear to Candidatus Phytoplasma pyri and experimental transmission studies by Cacopsylla pyri
(Springer, 2022) Caglayan, Kadriye; Gazel, Mona; Serce, Cigdem Ulubas; Kaya, Kamuran
In this study, efficient transmission ways of 'Ca. P. pyri' which causes Pear Decline (PD) disease and response of different rootstock-scion combinations to this pathogen were evaluated. For graft transmission trials, fifty BA29 clonal rootstocks were grafted with buds taken from a 'Ca. P. pyri' infected pear tree, cv. Deveci, and the transmission rate was found to be 8% according to PCR/RFLP analyses. Growth retardation was detected in some grafted plants but the specific reddening symptoms for PD were not observed during the 2 years of observation. Cacopsylla pyri L., playing important role for the transmission of pear decline phytoplasma in open field, was used for experimental transmission trials. It has been shown that it can acquire phytoplasma (in 1 day) and transmit it (in 2 weeks to healthy pear saplings). Therefore it was revealed that C. pyri plays an important role in pear decline epidemiology. When the response of several rootstock-scion combinations to 'Ca. P. pyri'was evaluated over two vegetative periods by visual monitoring of symptom development and by PCR analyses, two Santa Maria and one Williams plants grafted on OHF333 and one Deveci plant grafted on P. communis were found infected by 'Ca. P. pyri', but no infection was detected in a local cv. Ankara grafted on any rootstocks. Among the commercial cultivars, our local cv. Deveci was found the most sensitive and cv. Ankara was the most tolerant. The use of healthy plant materials, as well as the appropriate control of the vector will play an important role in disease control.
Bağlarda yeni saptanan virüslerin Hatay ve Tekirdağ ili bağ alanlarında PCR yöntemiyle belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonu
(Turkish Science and Technology Publishing (TURSTEP), 2019) Kocabağ, Hamide Deniz; Çağlayan, Kadriye; Gazel, Mona
Son yıllarda yeni nesil sekans analiz tekniklerinin yaygın olarak kullanılması bağlarda ve diğer bitki türlerinde etiyolojisi bilinmeyen birçok virüs hastalığının etmeninin belirlenmesini sağlamıştır.. Bağlarda bu teknoloji ile saptanan yeni virüslerden en önemlileri Grapevine Pinot Gris Virus (GPGV), Grapevine Syrah Virus-1 (GSyV-1), Grapevine Red-blotch associated Virus (GRBaV) ve Grapevine Roditis Leaf Discoloration Virus (GRLDaV)’dür. Bu çalışmanın amacı Tekirdağ ve Hatay ili bağ alanlarında GPGV, GSyV-1, GRBaV ve GRLDaV varlığının PCR ve DNA dizileme yöntemleriyle saptanması ve karakterizasyonlarının yapılmasıdır. Bu çalışma kapsamında virüs benzeri simptom gösteren omcaların yanı sıra simptomsuz omcalardan da örnekler alınmış ve toplam olarak Tekirdağ ilinden 191, Hatay ilinden ise 111 örnek toplanmıştır. Tekirdağ ilinden toplanan bağ örneklerinde %43,62 oranında GPGV, %1,04 oranında GSyV1 saptanmıştır. Hatay ilinden toplanan örneklerde ise sadece %0,9 oranında GSyV1 saptanmış ve testlenen örnekler GPGV, GRBaV, GRLDaV açısından temiz bulunmuştur. Tekirdağ örneklerinin GPGV için yapılan RT-PCR analizlerinde kısmi kılıf protein, hareketlilik, ve replikaz genlerini çoğaltan primerler kullanıldığında sırasıyla 411 bp, 302 bp ve 618 bp büyüklüğünde PCR ürünleri elde edilmiştir Bu ürünlerin doğrudan iki yönlü sekans analizi sonucunda ve her üç gen bölgesinin de nükleotid dizilimlerinin gen bankasında kayıtlı farklı GPGV izolatları ile yüksek oranda homoloji gösterdiği saptanmıştır.
Comparison by Sequence-Based and Electron Microscopic Analyses of Fig mosaic virus Isolates Obtained from Field and Experimentally Inoculated Fig Plants
(Amer Phytopathological Soc, 2010) Caglayan, Kadriye; Serce, Cigdem Ulubas; Barutcu, Eminur; Kaya, Kamuran; Medina, Vicente; Gazel, Mona; Soylu, Soner
Fig mosaic disease (FMD) and the fig mite, Aceria ficus, are widespread in different fig growing provinces of Turkey. Fig trees (Ficus carica) cv. Bursa siyahi (D1) and an unknown seedling (D2) that showed typical FMD symptoms and was heavily infested by fig mites were used as donor plants for attempted mite transmissions to healthy fig seedlings. Transmission electron microscopy observations of donor plant samples prior to the transmission tests were performed and showed the presence of double membrane bodies (DMBs) in the palisade mesophyll cells. Electron microscopy of all experimentally inoculated fig seedlings showed the same bodies. This result reinforced the suggestion that an agent that elicits the production of DMBs in infected cells is involved in the etiology of FMD. Double-stranded (ds)RNA analyses were also performed from experimentally inoculated plants, and dsRNAs with sizes approximately 1.30 and 1.96 kb were obtained. Reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) products of 468 and 298 bp specific to Fig mosaic virus (FMV) were amplified from both donor and experimentally inoculated plants. BLAST analyses of nucleotide sequences of these fragments showed 90% identity with FMV for the donor plant and 94 to 96% for experimentally inoculated plants. According to these results, FMV is present in both donor and experimentally inoculated plants in Turkey, and this virus is transmissible by A. ficus from fig plant to fig plant.
Detection and characterization of diverse phytoplasmas in ornamental and cultivated pomegranate species in Turkey
(Academic Press Ltd- Elsevier Science Ltd, 2022) Caglayan, Kadriye; Kocabag, Hamide Deniz; Gazel, Mona; Sipahiog, Hikmet Murat
Yellowing, leaf curling and shoot-dieback symptoms on pomegranates have been observed in Turkey in last decade, however, the association of phytoplasmas to symptoms in pomegranates has been not fully understood. In the present study, 130 cultivated and 65 ornamental pomegranate trees were sampled from three provinces (Hatay, Adana, Sanliurfa) from southern part of Turkey. Nested-PCR assay and restriction fragment length polymorphism analysis were employed to identify the phytoplasma strains detected in symptomatic and asymptomatic pomegranate trees. Among 195 tested samples, three ornamental and six cultivated pomegranates were found positive for phytoplasmas by Nested-PCR. Based on virtual RFLP analysis of 16S rDNA sequences, the strains detected in cultivated pomegranates were related to 'Candidatus Phytoplasma asteris' (16SrI-S), 'Ca. P. solani' (16SrXII-A) and 'Ca. P. mali' (16SrX-A) whereas in the ornamental pomegranates only to 'Ca. P. prunorum' (16SrX-B) was detected. The association of 'Ca. P. mali' and 'Ca. P. asteris' related strains on cultivated pomegranates and as well as 'Ca. P. prunorum' in ornamental pomegranates have been identified for the first time worldwide. The presence of distinct phytoplasmas in pomegranates could result a high diversity of phytoplasmas within single plant species.
Detection and Identification of Phytoplasmas in Pomegranate Trees with Yellows Symptoms
(Wiley, 2016) Gazel, Mona; Caglayan, Kadriye; Baspinar, Huseyin; Mejia, Juan F.; Paltrinieri, Samanta; Bertaccini, Assunta; Contaldo, Nicoletta
Symptoms resembling those associated with phytoplasma presence were observed in pomegranate (Punica granatum L.) trees in June 2012 in the Aegean Region of Turkey (Aydn province). The trees exhibiting yellowing, reduced vigour, deformations and reddening of the leaves and die-back symptoms were analysed to verify phytoplasma presence. Total nucleic acids were extracted from fresh leaf midribs and phloem tissue from young branches of ten symptomatic and five asymptomatic plants. Nested polymerase chain reaction assays using universal phytoplasma-specific 16S rRNA and tuf gene primers were performed. Amplicons were digested with Tru1I, Tsp509I and HhaI restriction enzymes, according to the primer pair employed. The phytoplasma profiles were identical to each other and to aster yellows (16SrI-B) strain when digestion was carried out on 16Sr(I)F1/R1 amplicons. However, one of the samples showed mixed profiles indicating that 16SrI-B and 16SrXII-A phytoplasmas were present when M1/M2 amplicons were digested, the reamplification of this sample with tuf cocktail primers allowed to verify the presence of a 16SrXII-A profile. One pomegranate aster yellows strain AY-PG from 16S rRNA gene and the 16SrXII-A amplicon from tuf gene designed strain STOL-PG were directly sequenced and deposited in GenBank under the Accession Numbers KJ818293 and KP161063, respectively. To our knowledge, this is the first report of 16SrI-B and 16SrXII-A phytoplasmas in pomegranate trees.
Detection and partial characterization of grapevine leafroll-associated virus 1 in pomegranate trees in Turkey
(Springer, 2016) Caglayan, Kadriye; Elci, Eminur; Gazel, Mona
Foliar virus-like symptoms consisting of yellowing, chlorotic spots, oak-leaf and vein clearing were observed on pomegranate cultivar Hicaz in Hatay province of Turkey in 2013. Three symptomatic out of 23 pomegranate samples reacted to Grapevine leafroll-associated virus 1 (GLRaV-1) antibodies in DAS-ELISA. In order to confirm the presence of GLRaV-1 in pomegranate, total RNA extracted from petiole samples was used in RT-PCR using specific primers designed on sequences of the heat-shock protein 70 homolog (HSP70h), coat protein (CP), coat protein duplicate 2 (CPd2) and open reading frame 9 (p24) genes of GLRaV-1. Amplicons were only obtained from symptomatic pomegranate samples for the CP, CPd2, and p24 genes but, unlike for GLRaV-1 isolates from grapevine, no amplicon was obtained for the HSP70h gene of GLRaV-1 isolates from pomegranate. The CP, CPd2 and p24 genes of GLRaV-1 from pomegranate (accession no. KP411914-KP411922) had 91-94 % nucleotide sequence identity with GLRaV-1 isolates from grapevine. Phylogenetic analyses reconstructed using the neighbor joining method showed a clustering of GLRaV-1 isolates from pomegranate and grapevine. These results suggest that pomegranate could be an alternate host for GLRaV-1.
Detection and the Prevalence of Prune Dwarf Virus (PDV) in Important Cherry Plantations of the Eastern Mediterranean Region by DAS-ELISA and RT-PCR Analyzes
(2022) Gündoğan, Pelin; Gazel, Mona; Çağlayan, Kadriye
In this study, the prevalence of PDV, which infects cherry (Prunus avium L.) trees and is among the important viral pathogens in\rAdana, Kahramanmaraş and Osmaniye provinces where cherry is extensively produced in the Eastern Mediterranean region of\rTurkey, was investigated. A total of 173 cherry leaf samples with and without symptoms collected from Adana, Kahramanmaraş\rand Osmaniye provinces were tested by DAS-ELISA and RT-PCR methods. PDV was not detected in all samples tested by the DAS-\rELISA method. As a result of the tests performed with RT-PCR, 874 bp long nucleotide sequences belonging to the coat protein\rgene region of the 15 samples were obtained and found positive. After the sequences were obtained, they were compared with\rthe sequences from Turkey and the sequences of PDV reference isolates registered in GenBank. As a result of BLASTn analysis, it\rwas determined that the Turkish PDV cherry isolates showed similarity between 89.58-99.32% at the nucleotide level with the\rPDV reference sequence. Phylogenetic analysis of the nucleotide sequences of the obtained isolates was performed and their\rrelationship with PDV cherry isolates in the world and Turkey was determined
Detection of 'Candidatus phytoplasma pyri' in Turkey
(Alma Mater Studiorum, Univ Bologna, 2007) Gazel, Mona; Serce, Cigdem Ulubas; Caglayan, Kadriye; Ozturk, Harun
Typical 'Candidatus Phytoplasma pyri' (Pear Decline, PD) symptoms were first observed in 2005 in pear orchards of Bursa province, which is an important pear growing area in Turkey. The present report resulted from a survey of pear varieties to investigate the infection level of PD in Bursa in 2006. The observed symptoms were foliar reddening in late summer and fall, leaf roll, leaf curl, poor growth and slow or quick decline. The presence of PD phytoplasma in pear trees was investigated by polymerase chain reaction using universal P1/P7 and R16F2/R2 primers and the identification was performed by RFLP analyses. A total of 116 pear trees were tested and 61 samples were found infected by the phytoplasma. 'Ca. P. pyri' was identified using RsaI, SspI and MseI restriction enzymes. PD is widely distributed in pear trees with a high incidence and it is a big threat for pear production in Turkey.
Detection of four apple viruses by ELISA and RT-PCR assays in Turkey
(2006) Çağlayan, Kadriye; Ulubaş Serçe, Çiğdem; Gazel, Mona; Jelkmann, Wilhelm
Türkiye'de elma yetiştiriciliğinin yoğun olarak yapıldığı bölgelerde elmalarda önemli dört virüs hastalığının yaygınlık durumlarını değerlendirmek amacıyla 2004 yılının ilkbahar döneminde bitki örnekleri toplanmıştır. Toplanan bu örnekler Elma mozaik virüsü (Apple mosaic virus = ApMV), Elma gövde yivlenme virüsü (Apple stem grooving virus = ASGV) ve Elma klorotik yaprak leke virüslerine (Apple Chlorotic Leaf Spot Virus = ACLSV) karşı hem ELISA hem de RT-PCR yöntemleriyle testlenmiştir. Elma gövde çukurlaşma virüsüne (Apple stem pitting virus = ASPV) karşı ise henüz ticari olarak üretilmiş antiserum bulunmadığı için sadece RT-PCR yöntemi kullanılmış ve sonuçlar kıyaslanmıştır. Toplam 174 örnek bakanlık ve üniversitelere ait olan çeşit koleksiyon bahçelerinden ve ticari bahçelerden toplanmıştır. Bu bitkilerden 126 tanesi en az bir virüs ile enfekteli olarak saptanmıştır. Hastalığın yaygınlık oranı ticari bahçelerde % 70.21 olarak saptanırken çoğunluğu çeşit bahçelerinden alınan gözlerle üretilen fidanlarla kurulmuş olan ticari bahçelerde ise enfeksiyon oranı daha yüksek olup % 75.00 olarak bulunmuştur. ACLSV, ASGV ve ASPV'nin tanılanmasında ELISA ve RT-PCR tekniklerinin kıyaslanması sonucu elde edilen bulgular, RT-PCR yöntemi ile % 8.6 oranında daha fazla sayıda bitkinin pozitif olarak saptandığını göstermiştir. Gerek çeşit gerekse ticari bahçelerde karışık enfeksiyon oldukça yaygın bulunmuştur. Karışık enfeksiyonlar içinde en yaygın olanlar sırasıyla ASPV + ACLSV (% 84.21), ASPV + ASGV (% 36.84), ACLSV + ASGV (% 26.32) ve ASPV + ApMV (% 5.26)'dir. ASPV + ASGV + ACLSV üçlü enfeksiyon oranı ise % 26.32 olarak saptanmıştır. Virüslerin herhangi biri ile enfekteli bitki örneklerinin sayısı RT-PCR ile test edildiğinde ELISA yöntemine göre daha fazla olmuştur. Bu çalışma elma virüs hastalıklarının Türkiye'nin farklı bölgelerinde özellikle de simptom göstermeyen ağaçlarda çok yaygın olduğunu ve RT-PCR yönteminin yumuşak çekirdekli meyve ağaçlarının sertifikasyon çalışmalarında başarıyla kullanılabileceğini ortaya koymuştur.
Detection of ‘Candidatus Phytoplasma pyri’in different pear tissues and sampling time by PCR-RFLP analyses
(Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi, 2020) Gazel, Mona; Ulubaş Serçe, Çiğdem; Öztürk, Harun; Çağlayan, Kadriye
Aims: In this study, the best sampling time and tissues for phytoplasma detection in twenty pear trees (cv. Deveci) infected by ‘Candidatus Phytoplasma pyri’, causal agent of pear decline disease, in Bursa province of Turkey were investigated. Methods and Results: Sampling was done throughout the year in leaf midribs, shoot and root tissues, where as the flower tissues were tested once a year in March and fruit tissues in September. All samples were analyzed by nested-PCR using P1/P7 and fU5/rU3 universal primer pairs. Nested PCR products were digested with RsaI and SspI restriction enzymes. The results revealed that the detection rate of ‘Ca. P. pyri’ in different plant tissues was greatly depending on the sample collection period. The fruit tissues, which were only sampled in September due to the ripening time of Deveci pear cultivar in Bursa, showed the highest detection rate of ‘Ca. P. pyri’ (100%) followed by flower tissues (75%). The average detection rate in root, shoot tissues and leaf midribs was found as 43.75, 39.58 and 16.25%, respectively. The present results showed that the best plant tissues for detecting ‘Ca. P. pyri’ in pear trees were fruit columella and flowers. The highest detection rate of this phytoplasma in root tissues was found from November to March, whereas it could be detected whole year around except summer months in shoot samples in Turkey. Conclusions: For 'Candidatus Phytoplasma pyri', detection, if there is no seasonal limitation for testing, the most suitable tissues are fruits and flowers. When it comes to testing throughout the year, the most suitable tissues were determined as the root, the phloem and cambium layer of the shoots and the leaves, respectively. Significance and Impact of the Study: This study on seasonal variations of ‘Candidatus Phytoplasma pyri’ in different pear tissues has been first time investigated in Turkey. This preliminary data provides important knowledge on molecular detection of Ca. P. pyri, causal agent of pear decline disease for further studies and sertification-quarantine programmes of pear trees in Turkey.
Elma (Malus domestica) ağaçlarından elde edilen endofitik fungusların elma çoklu sürgün fitoplazma hastalığı (Candidatus Pyhtoplasma mali) üzerine etkinliklerinin belirlenmesi
(2022) Yavuz, Şefika; Gazel, Mona; Tok, Fatih Mehmet; Çağlayan, Kadriye
Amaç: Bu çalışmada Elma Çoklu Sürgün Fitoplazma Hastalığı (EÇSF) (Candidatus Pyhtoplasma mali)’nın biyolojik mücadelesinde endofitik fungusların etkinliğinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Böylece pratikte kimyasal mücadele olanağı olmayan hastalık etmenine karşı farklı kontrol stratejileri geliştirilebilme olanağının sağlanması hedeflenmiştir. Yöntem ve Bulgular: EÇSF ve endofit fungus izolasyonları için toplam 50 farklı bahçe gezilerek fitoplazma testleri için 360 ağaçtan, endofit funguslar için ise hem sağlıklı hem de fitoplazma ile enfekteli 198 ağaçtan bitki örneği toplanmıştır. Fitoplazma açısından testlenen 360 örnekten 29 tanesi ‘Ca. P. mali’ ile enfekteli bulunmuştur. ‘Ca. P. mali’ ile enfekteli ve sağlıklı elma ağaçlarından endofit fungus türleri izole edilmiş, bu fungusların morfolojik ve moleküler tanısı ile birlikte patojenisite çalışmaları yapılmıştır. Sağlıklı elma ağaçlarından en yaygın olarak izole edilen endofit funguslardan Epicoccum nigrum, Aureobasidium pullulans, Ulocladium consortiale’nin EÇSF hastalığına karşı etkinlikleri incelenmiştir. Her bir fungus izolatının EÇSF hastalık yoğunluğunu farklı düzeylerde etkilediği, en yüksek etkinin A. pullulans’a ait olduğu ve EÇSF hastalık yoğunluğunu uygulama sonrası %34,18 etki değeri ile azalttığı belirlenmiştir. Genel Yorum: EÇSF hastalığının etkili bir kimyasal mücadelesinin bulunmaması ve etmenin karantina listesinde yer alması nedeniyle olası biyolojik mücadele uygulamaları oldukça önemlidir. EÇSF ile enfekteli ağaçlara inokule edilen 3 farklı endofit fungus türünden Aureobasidium pullulans’ın fitoplazma yoğunluğunu diğer 2 etmene göre daha fazla azaltmasından dolayı A. pullulans hastalıkla mücadelede kullanılabilecek biyolojik mücadele ajanı olabilir. Çalışmanın Önemi ve Etkisi: Bu çalışma ile biyolojik mücadele ajanı olan endofit fungusların elmalarda EÇSF hastalığı üzerine etkileri Türkiye’de ilk kez araştırılmış ve hastalığın kontrol stratejilerinin oluşturulmasında önemli ön bulgular elde edilmiştir.
Evaluations of apricot trees infected by Candidatus Phytoplasma prunorum for horticultural characteristics
(2009) Gazel, Mona; Caglayan, Kadriye; Serce, Cigdem Ulubas; Son, Levent
Apricot, Prunus armeniaca L., is an important stone fruit species in Turkey. The Mediterranean coastal area in Turkey has advantageous climatic conditions for early table apricot production. New orchards with both local and foreign cultivars are being established in this region. The disease caused by phytoplasma is a critical threat for apricot growers. In this study, pomological data were collected from three apricot trees (cv. 'Precoce de Tyrinthe') that are infected by Candidatus Phytoplasma prunorum disease and from healthy plants under field conditions. The variables evaluated included yield, fruit width, length, height and weight, seed weight, seed/fruit ratio, soluble solids and acidity between 2004 and 2007. Analyses of variance indicated that all infected trees had lower yield when compared to the uninfected trees for four experimental years. The reduction in yield reached up to 77% in some cases. Significant differences were also recovered for variables for infected versus control comparisons. In some cases, the means of the trees also differed among infected ones. The results suggested that Ca. Phytoplasma prunorum negatively affects the 'Precoce de Tyrinthe' apricot for both yield and pomological characteristics in different ratios. Copyright © 2009 Bucharest University.
First report of the Olpidium virulentus-mediated transmission of blueberry mosaic-associated virus in blueberries in Turkey
(Springer, 2021) Caglayan, Kadriye; Akkan, Rengin; Gazel, Mona; Tok, Fatih Mehmet
[Abstract Not Available]
Further characterization of a new recombinant group of Plum pox virus isolates, PPV-T, found in orchards in the Ankara province of Turkey
(Elsevier, 2009) Serce, Cigdem Ulubas; Candresse, Thierry; Svanella-Dumas, Laurence; Krizbai, Laszlo; Gazel, Mona; Caglayan, Kadriye
Sixteen Plum pox virus (PPV) isolates collected in the Ankara region of Turkey were analyzed using available serological and molecular typing assays. Surprisingly, despite the fact that all isolates except one, which was a mix infection, were typed as belonging to the PPV-M strain in four independent molecular assays, nine of them (60%) reacted with both PPV-M specific and PPV-D specific monoclonal antibodies. Partial 5' and 3' genomic sequence analysis on four isolates demonstrated that irrespective of their reactivity towards the PPV-D specific monoclonal antibody, they were all closely related to a recombinant PPV isolate from Turkey, Ab-Tk. All three isolates for which the relevant genomic sequence was obtained showed the same recombination event as Ab-Tk in the HC-Pro gene, around position 1566 of the genome. Complete genomic sequencing of Ab-Tk did not provide evidence for additional recombination events in its evolutionary history. Taken together, these results indicate that a group of closely related PPV isolates characterized by a unique recombination in the HC-Pro gene is prevalent under field conditions in the Ankara region of Turkey. Similar to the situation with the PPV-Rec strain, we propose that these isolates represent a novel strain of PPV, for which the name PPV-T (Turkey) is proposed. Given that PPV-T isolates cannot be identified by currently available typing techniques, it is possible that their presence has been overlooked in other situations. Further efforts should allow a precise description of their prevalence and of their geographical distribution in Turkey and, possibly, in other countries. (C) 2009 Elsevier B.V. All rights reserved.
Hatay ilinde yetişen Cucurbitaceae familyasına ait kültür bitkilerinde bazı virüslerin DAS-ELISA ve RT-PCR yöntemleriyle saptanması ve moleküler karakterizasyonu
(2022) Güneş, Hülya Üstünkaya; Gazel, Mona; Çağlayan, Kadriye
Amaç: Bu çalışmada, Hatay ilinde yetiştirilen hıyar, kabak ve kavun bitkilerinde cucurbit yellow stunting disorder virus (CYSDV), cucurbit chlorotic yellows virus (CCYV) ve beet pseudo-yellows virus (BPYV)’lerinin Double Antibody Sandwich-Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay (DAS-ELISA) ve Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) yöntemleriyle belirlenmesi, elde edilen virüs izolatlarının filogenetik ilişkilerinin ortaya konulması amaçlanmıştır. Yöntem ve Bulgular: Hatay ilinden simptomlu ve simptomsuz 90 adet hıyar, kabak ve kavun örneği toplanmıştır. CCYV’nin varlığını araştırmak için DAS-ELISA ve RT-PCR yöntemleri, CYSDV ve BPYV’lerinin varlığını araştırmak için ise RT-PCR yöntemi kullanılmıştır. Gözlenen en yaygın simptomlar yapraklarda küçülme, deformasyon, yaprak kırışıklıkları, kıvrılmalar ve damar açılmalarıdır. DAS-ELISA testi sonuçlarına göre testlenen örneklerde CCYC bulunamamıştır. RT-PCR analizleri sonucunda testlenen örneklerde BPYV ve CCYV bulunamamış ancak CYSDV’nin heat shock protein 70h (HSP70h) genini çoğaltan 364 bp büyüklüğünde PCR amplikonları 11 örnekte (9 kabak, 2 kavun) elde edilmiştir. Bu ürünlerden 10 tanesinin doğrudan iki yönlü sekans analizi sonucunda, elde edilen nükleotit dizilerinin gen bankasında kayıtlı CYSDV izolatları ile yüksek oranda (%99) benzerlik gösterdiği saptanmıştır. Bu çalışma ile CYSDV ilk defa Hatay ilinde kabak ve kavun bitkilerinde rapor edilmiştir. Genel Yorum: Hatay ili kabak ve kavun alanlarından toplanan örneklerde CYSDV ilk kez tespit edilmiştir. Testlenen örneklerinin hiçbirinde BPYV ve CCYV belirlenememiştir. Testlenen örneklerin %12.22 oranında CYSDV ile enfekteli bulunması, sağlıklı bitki materyallerinin kullanılmasının önemini göstermektedir. Çalışmanın Önemi ve Etkisi: Hatay ilinde ilk kez bu çalışma ile kabak ve kavun bitkilerinde CYSDV’ünün varlığı, RT-PCR analizleri ile kanıtlanmıştır.
Identification and Characterization of a Novel Robigovirus Species from Sweet Cherry in Turkey
(Mdpi, 2019) Caglayan, Kadriye; Roumi, Vahid; Gazel, Mona; Elci, Eminur; Acioglu, Mehtap; Plesko, Irena Mavric; Reynard, Jean-Sebastien
High throughput sequencing of total RNA isolated from symptomatic leaves of a sweet cherry tree (Prunus avium cv. 0900 Ziraat) from Turkey identified a new member of the genus Robigovirus designated cherry virus Turkey (CVTR). The presence of the virus was confirmed by electron microscopy and overlapping RT-PCR for sequencing its whole-genome. The virus has a ssRNA genome of 8464 nucleotides which encodes five open reading frames (ORFs) and comprises two non-coding regions, 5 ' UTR and 3 ' UTR of 97 and 296 nt, respectively. Compared to the five most closely related robigoviruses, RdRp, TGB1, TGB2, TGB3 and CP share amino acid identities ranging from 43-53%, 44-60%, 39-43%, 38-44% and 45-50%, respectively. Unlike the four cherry robigoviruses, CVTR lacks ORFs 2a and 5a. Its genome organization is therefore more similar to African oil palm ringspot virus (AOPRV). Using specific primers, the presence of CVTR was confirmed in 15 sweet cherries and two sour cherries out of 156 tested samples collected from three regions in Turkey. Among them, five samples were showing slight chlorotic symptoms on the leaves. It seems that CVTR infects cherry trees with or without eliciting obvious symptoms, but these data should be confirmed by bioassays in woody and possible herbaceous hosts in future studies.
Identification of Pomegranate as a New Host of Passiflora Edulis Symptomless Virus (PeSV) and Analysis of PeSV Diversity
(Mdpi, 2020) Caglayan, Kadriye; Gazel, Mona; Roumi, Vahid; Kocabag, Hamide Deniz; Tunc, Bahar; Reynard, Jean Sebastien; Ruiz-Garcia, Ana Belen
Pomegranate is an important crop in the Mediterranean Basin that can be affected by a range of pathogens. With the aim to better understand the impact of viral diseases on pomegranate, two leaf samples from Turkey showing virus-like symptoms such as chlorotic spots and oak-leaf patterns were subjected to high throughput sequencing (HTS). Data analysis indicated the presence of passiflora edulis symptomless virus (PeSV: genus Roymovirus, Potyviridae family) in these two pomegranate samples, consistent with the observation by electron microscopy of flexuous filamentous viral particles 760 to 780 nm long. Further analysis of HTS reads revealed the presence of five PeSV variants in one of the samples and another single variant in the other. PeSV occurrence was also identified from publicly available SRA pomegranate RNA-Seq transcriptomic data from India and China. The genome of these PeSV-pomegranate variants share 78.0-86.8% nucleotide identity with that of the reference isolate from passionfruit (MH379332). The presence of PeSV in pomegranate was confirmed by specific RT-PCR assays targeting either the coat protein (CP) or Nla-Pro genes in 37 cultivated and one ornamental pomegranate out of 133 samples collected from the Eastern Mediterranean region of Turkey. To our knowledge, this is the first application of HTS to assess virus occurrence in pomegranate and the first recognition of pomegranate as a new host for PeSV.

Yazar "Gazel, Mona" seçeneğine göre listele

Sayfa Başına Sonuç

Sıralama seçenekleri