Turunçgil antraknoz etmeni Colletotrichum gloeosporioides’in LAMP (Loop-Mediated Isothermal Amplification) tekniği kullanılarak hızlı tanısı
Yükleniyor...
Dosyalar
Tarih
2020
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Turunçgilde antraknoz hastalığı sürgünlerde geriye doğrukuruma, yapraklarda leke, erken dönem yaprak ve meyvedökümleri, meyvelerde antraknoz belirtileri şeklinde ortayaçıkmaktadır. Antraknoz etmeni Colletotrichum gloeosporioides,ülkemizde özellikle limon başta olmak üzere birçok turunçgiltür ve çeşitlerinde şiddetli enfeksiyonlara yol açmaktadır.C. gloeosporioides fungal patojeninin tanısı, morfolojik,moleküler yöntemler ve proteine dayalı spektrum analizleriile yapılabilmektedir. Bu çalışma, LAMP tekniğini kullanarakTurunçgil antraknoz etmeni C. gloeosporioides’in hızlı tanısınıgerçekleştirmek için yürütülmüştür. LAMP yöntemi içinspesifik primerler, C. gloeosporioides türünün gen dizileri hergen bölgesine özgü primer setleri (F3/B3 ve FIP/BIP) ‘PrimerExplorer V3’ adlı bilgisayar programı (http://primerexplorer.jp/e) kullanılarak tasarlanmıştır. LAMP reaksiyonunda kullanılmak üzere tasarlanan primerlerin özgüllükleri C.gloeosporioides’in 3 farklı izolatları ile Fusarium solani’ninFs4 izolatı olmak üzere toplam 3 DNA örneği kullanılarakdeğerlendirilmiştir. PCR çalışmasında genomik DNA 1 ng µl-1,LAMP çalışmasında 10 fg µl-1 miktarında kullanılmıştır. Sonuçolarak, floresan boya ile incelendiğinde, C. gloeosporioidesizolatlarının bulunduğu tüplerde parlama olmuştur. Ancak, F.solani’nin bulunduğu tüpte parlama gözlenmemiştir. LAMPanalizinin C. gloeosporioides’den elde edilen genomik DNA’yıbaşarıyla tespit ettiğini göstermiş, fakat F. solani’den eldeedilen genomik DNA’yı tespit edememiştir. LAMP tekniği ile 2saat süren bir analiz sonucunda elde edilen başarılı sonuçlarlakısa süre içerisinde patojenin varlığı tespit edilmiştir.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Kaynak
Bitki Koruma Bülteni
WoS Q Değeri
Scopus Q Değeri
Cilt
60
Sayı
3
