Bağlarda yeni saptanan virüslerin Hatay ve Tekirdağ ili bağ alanlarında PCR yöntemiyle belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonu

Basit Öğe Kaydı
dc.authorid0000-0002-2895-9542en_US
dc.authorid0000-0002-4381-4149en_US
dc.authorid0000-0001-7162-0336en_US
dc.contributor.authorKocabağ, Hamide Deniz
dc.contributor.authorÇağlayan, Kadriye
dc.contributor.authorGazel, Mona
dc.date.accessioned2020-09-10T06:13:57Z
dc.date.available2020-09-10T06:13:57Z
dc.date.issued2019en_US
dc.departmentZiraat Fakültesien_US
dc.description.abstractSon yıllarda yeni nesil sekans analiz tekniklerinin yaygın olarak kullanılması bağlarda ve diğer bitki türlerinde etiyolojisi bilinmeyen birçok virüs hastalığının etmeninin belirlenmesini sağlamıştır.. Bağlarda bu teknoloji ile saptanan yeni virüslerden en önemlileri Grapevine Pinot Gris Virus (GPGV), Grapevine Syrah Virus-1 (GSyV-1), Grapevine Red-blotch associated Virus (GRBaV) ve Grapevine Roditis Leaf Discoloration Virus (GRLDaV)’dür. Bu çalışmanın amacı Tekirdağ ve Hatay ili bağ alanlarında GPGV, GSyV-1, GRBaV ve GRLDaV varlığının PCR ve DNA dizileme yöntemleriyle saptanması ve karakterizasyonlarının yapılmasıdır. Bu çalışma kapsamında virüs benzeri simptom gösteren omcaların yanı sıra simptomsuz omcalardan da örnekler alınmış ve toplam olarak Tekirdağ ilinden 191, Hatay ilinden ise 111 örnek toplanmıştır. Tekirdağ ilinden toplanan bağ örneklerinde %43,62 oranında GPGV, %1,04 oranında GSyV1 saptanmıştır. Hatay ilinden toplanan örneklerde ise sadece %0,9 oranında GSyV1 saptanmış ve testlenen örnekler GPGV, GRBaV, GRLDaV açısından temiz bulunmuştur. Tekirdağ örneklerinin GPGV için yapılan RT-PCR analizlerinde kısmi kılıf protein, hareketlilik, ve replikaz genlerini çoğaltan primerler kullanıldığında sırasıyla 411 bp, 302 bp ve 618 bp büyüklüğünde PCR ürünleri elde edilmiştir Bu ürünlerin doğrudan iki yönlü sekans analizi sonucunda ve her üç gen bölgesinin de nükleotid dizilimlerinin gen bankasında kayıtlı farklı GPGV izolatları ile yüksek oranda homoloji gösterdiği saptanmıştır.en_US
dc.description.abstractThe improvements on the next generation sequencing or high-trough output technologies allowed the discovery of several unknown viruses in grapevines and also in other plants . The most important new emerging grapevine viruses were identified as Grapevine pinot gris virus (GPGV), Grapevine syrah virus 1 (GSyV-1), Grapevine red blotch-associated virus (GRBaV) and Grapevine roditis leaf discoloration virus (GRLDaV). The aim of the present study was to investigate the occurrence and characterization of these viruses in Tekirdag and Hatay viticulture production areas by PCR and DNA sequencing analyses. Totally 191 and 111 grapevine samples showing both virus-like symptoms and symptomless were collected from Tekirdağ and Hatay provinces, respectively. Among the tested samples GPGV and GSyV-1 were detected in both local and imported cultivars by the infection rate of 43.62 % and 1.04% in Tekirdağ , respectively. In Hatay provice, only GSyV1 was detected by the infection rate of 0.9 % and all tested samples were negative for GPGV, GRBaV, GRLDaV. RT-PCR results showed that DNA fragments of 411 bp, 302 bp and 618 bp corresponding to the part of the coat protein (CP), movement protein (MP) and the replicase genes of GPGV were successfully amplified in Tekirdağ samples. All PCR products of GPGV were directly sequenced on both strands. All the nucleotide sequences of CP, MP and 5’ UTR and Nterminus of replicase genes shared the highest sequence identity with different GPGV isolates deposited in Genbanken_US
dc.identifier.citationKocabağ, H. D., Çağlayan, K., & Gazel, M. (2019). Molecular Detection and Characterization of New Emerging Viruses by PCR Analysis in Hatay and Tekirdag Vineyards. Turkish Journal of Agriculture-Food Science and Technology, 7(5), 789-798.en_US
dc.identifier.doi10.24925/turjaf.v7i5.789-798.2437en_US
dc.identifier.endpage798en_US
dc.identifier.issn2148-127X
dc.identifier.issue5en_US
dc.identifier.startpage789en_US
dc.identifier.trdizinid354618en_US
dc.identifier.urihttps://dx.doi.org/10.24925/turjaf.v7i5.789-798.2437
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12483/3068
dc.identifier.volume7en_US
dc.indekslendigikaynakTR-Dizinen_US
dc.language.isotren_US
dc.publisherTurkish Science and Technology Publishing (TURSTEP)en_US
dc.relation.ispartofTürk Tarım - Gıda Bilim ve Teknoloji dergisien_US
dc.relation.publicationcategoryMakale - Ulusal Hakemli Dergi - Kurum Öğretim Elemanıen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.rightsAttribution-NonCommercial 3.0 United States*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc/3.0/us/*
dc.subjectVitis viniferaen_US
dc.subjectGPGVen_US
dc.subjectGSyV-1en_US
dc.subjectGRBaVen_US
dc.subjectGRLDaVen_US
dc.subjectHatayen_US
dc.subjectTekirdağen_US
dc.subjectVitis viniferaen_US
dc.subjectGPGVen_US
dc.subjectGSyV-1en_US
dc.subjectGRBaVen_US
dc.subjectGRLDaVen_US
dc.subjectTurkeyen_US
dc.titleBağlarda yeni saptanan virüslerin Hatay ve Tekirdağ ili bağ alanlarında PCR yöntemiyle belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonuen_US
dc.title.alternativeMolecular detection and characterization of new emerging viruses by PCR analysis in Hatay and Tekirdag vineyardsen_US
dc.typeArticleen_US

Dosyalar

Orijinal paket
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim
İsim:
Kocabag,HamideDeniz2019.pdf
Boyut:
521.61 KB
Biçim:
Adobe Portable Document Format
Açıklama:
Tam Metin / Full Text
İndir
Lisans paketi
Listeleniyor 1 - 1 / 1
[ N/A ]
İsim:
license.txt
Boyut:
1.44 KB
Biçim:
Item-specific license agreed upon to submission
Açıklama:
İndir

Koleksiyon

TR-Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu